کرم ساقه خوار نیشکر sesamia nonagroides (lef.)یکی از آفات کلیدی مزارع نیشکر در استان خوزستان است که علاوه بر آن به ذرت و برنج نیز در استان های خوزستان و فارس خسارت می زند. این حشره همچنین آفت ذرت در جنوب اروپا بوده و از اسپانیا تا ترکیه پراکنده است. جهت پی بردن به میزان تنوع ژنتیکی در جمعیت های این حشره به منظور استفاده در برنامه های مدیریت آفت تحقیق حاضر انجام شد. به این منظور 4 جمعیت (لارو یا بالغ) به ترتیب از مزارع ذرت در شهرستان نورآباد و مزارع برنج در شهرستان فیروزآباد در استان فارس، همچنین مزارع نیشکر کشت و صنعت های امیرکبیر و هفت تپه در استان خوزستان و نیز یک جمعیت از مزارع ذرت شهر pontevedra در شمال غرب اسپانیا جمع آوری گردید. پس از استخراج دی ان ای از نمونه ها، تعداد 14 فرد از هر جمعیت توسط 8 آغازگر تصادفی 10 نوکلئوتیدی با نشانگر rapd بررسی شد. برای تحلیل داده ها از نرم افزارهای genalex 6.5 و ntsys 2.02 استفاده گردید. آغازگرهای مورد مطالعه جمعا 64 قطعه تولید کردند که همگی چند شکل بودند. شاخص فاصله ژنتیکی nei برای هر جفت از جمعیت ها محاسبه شد. کمترین مقدار این شاخص مربوط به دو جمعیت امیرکبیر و فیروزآباد (069/0) و بیشترین آن مربوط جمعیت های نورآباد و کشت و صنعت امیرکبیر (169/0) بود. فاصله ژنتیکی جمعیت اسپانیا تقریبا با همه جمعیت ها قابل ملاحظه و به طور میانگین 129/0 بود. تحلیل به مولفه های اصلی روی ماتریس فاصله ژنتیکی نی برای هر 5 جمعیت ساقه خوار s. nonagrioides و نیز تحلیل به مولفه های اصلی روی افراد جمعیت ها براساس ماتریس تشابه جاکارد انجام شد. با توجه به نتایج به طور کلی جمعیت های مختلف با یکدیگر فاصله ژنتیکی قابل ملاحظه ای داشتند و فقط جمعیت های امیرکبیر و فیروزآباد نسبت به دیگر جمعیت ها به یکدیگر بسیار نزدیک بودند. ضریب تشابه جاکارد به عنوان مناسب ترین ضریب برای ترسیم دندروگرام جمعیت های مورد بررسی به روشupgma انتخاب گردید. جهت تعیین میزان برازش دندروگرام حاصل از ماتریس تشابه جاکارد با داده ها، ضریب کوفنتیک محاسبه گردید که مقدار آن (86/0=r) بود و نشان از همبستگی بالا بین ماتریس تشابه جاکارد و دندوگرام حاصله داشت. بررسی وجود تنوع ژنتیکی در جمعیت های این حشره توسط تحلیل واریانس داده های مولکولی (amova) نشان داد که تفاوت ژنتیکی بین جمعیت ها معنی دار است به طوریکه 39 درصد از کل تنوع ژنتیکی موجود مربوط به تنوع بین جمعیت هاست و 61 درصد باقی مانده مربوط به تنوع درون جمعیت هاست. همچنین شاخص pt? برابر 393/0 (001/0 p-value<) بود که بیانگر تنوع قابل توجه و معنی دار بین جمعیت ها می باشد. به جز جمعیت های فیروزآباد و امیرکبیر که نسبت به دیگر جمعیت ها بسیار به هم نزدیک بودند، نتایج نشانگر فاصله ژنتیکی قابل توجه و میزان کم جریان ژنی بین جمعیت های مطالعه شده بود. به احتمال زیاد این مساله چنانکه توسط سایر محققین نیز اشاره شده است، به دلیل توانایی و تمایل کم این حشره به پراکنده شدن و پروازهای طولانی و مهاجرت حتی در فقدان موانع جغرافیایی می باشد. همچنین می تواند شاهدی بر بومی بودن این حشره در جنوب غربی ایران باشد. مدیریت صحیح این آفت نیاز به درک جریان ژنی بین جمعیت های هم بوم آن روی میزبان های گیاهی مختلف دارد که این امر در تحقیقات آینده می تواند مد نظر قرار گیرد.