اندوفیت ها شامل مجموعه ای از میکروارگانیسم ها (از جمله قارچ و باکتری) هستند که بدون ایجاد علائم، با رشد درون سلولی یا بین سلولی در بافت های گیاهان عالی زندگی می کنند و منبعی غنی از ترکیبات فعال زیستی هستند. گیاهان دارویی به عنوان پناهگاهی برای این موجودات شناخته شده اند و گزارش شده است که بسیاری از ترکیبات دارویی تولید شده توسط این گیاهان به وسیله اندوفیت های آن ها نیز تولید می شود. از آنجا که آویشن (thymus sp.)،از خانواده نعناعیان،دارایخواصضدباکتریایی و ضدقارچی بالایی می باشد و جایگاهخاصیدر تجارت جهانیدارد؛ از این رو این گیاه جهت شناسایی تنوع زیستی اندوفیت های آن و سپس تعیین خواص ضد میکروبی آن ها مورد بررسی قرار گرفت. در این پژوهش در بهار، تابستان و پاییز 1390، از بوته های سالم آویشن نمونه برداری شد. از نمونه های گردآوری شده 95 جدایه قارچ اندوفیتی شامل 11 جنس مختلف قارچی، 6 جدایه مخمری و 19 جدایه به صورت میسیلیوم های عقیم و 41 استرین باکتری اندوفیتی جداسازی گردید. قارچ های اندوفیت حاصل با استفاده از کلیدهای معتبر و به صورت مرفولوژیک شناسایی شدند و جدایه ی m35 که دارای اثرات خوبی در آزمایش های بیوکنترل بود به صورت مولکولی نیز شناسایی گردید. استرین های باکتریایی با روش های استاندارد باکتری شناسی، شناسایی شدند. در این پژوهش سه جنس alternaria،phomaو fusariumبه عنوان غالب ترین جدایه های قارچی شناسایی شده و جنس bacillusبه عنوان غالب ترین جدایه باکتریایی معرفی شدند. اندوفیت های جداسازی شده، برای اولین بار در دنیا از روی گونه های آویشن در استان همدان گزارش می شوند. اثرات زیستی اندوفیت های حاصل بر روی قارچ بیمارگر botrytis cinerea و باکتری های بیمارگر گیاهی xanthomonas arboricola pv. juglandis و streptomycesscabies و بیمارگرهای انسانی escherichiacoli atcc 25922 وstaphylococcusaureus atcc 33591بررسی شد. سپس متابولیت های قارچ های اندوفیت استخراج گردیده و در هفت غلظت، جهت کنترل بیمارگرهای قارچی و باکتریایی نامبرده مورد استفاده قرار گرفت. طی این بررسی مشاهده شد که ترکیبات حاصل از اندوفیت ها، پتانسیل بالقوه ی بالایی جهت کنترل بیمارگرهای گیاهی و انسانی دارند. از آنجا که اندوفیت ها منابعی با ارزش جهت تولید آنزیم ها می باشند، توانایی تولید آنزیم های آسپاراژیناز و آمیلاز در قارچ های اندوفیت مورد ارزیابی قرار گرفت. جدایه m24 (fusariumsubglutinans) بیشترین فعالیت آنزیمی را در بررسی کیفی تولید آنزیم آسپاراژیناز در مقایسه با سایر جدایه ها داشت. 33 جدایه قابلیت تولید آنزیم آمیلاز را نشان دادند که بین آن ها در سطح یک درصد اختلاف معنی دار مشاهده شد. بیشترین فعالیت آنزیم آمیلاز مربوط به جدایه شمارهm53 (curvularia akaii) بود. بررسی مکانیسم های بازدارندگی باکتری های اندوفیتدر برابر قارچ بیمارگر b.cinerea نیز مورد بررسی قرار گرفت و مشاهده شد کهبازدارندگی،مربوط به تولید آنزیم پروتئاز، تولید سیدروفور، سیانید هیدروژن و ترکیبات فرار است.