منطقه کلوت چاپدونی در منطقه 170 کیلومتری شمال شرقی یزد واقع شده است از نظر زمین شناسی در بخش میانی زون ایران مرکزی است و در دوران پرکامبرین و پالیوزوییک جزیی از شبه جزیره عربستان بوده است.