به هر عاملی (بیماری، آفت، خاک، تغییرات آب و هوایی و غیره) که باعث جلوگیری از بیان کامل پتانسیل ژنتیکی یک یا تعدادی صفت در گیاه شود، تنش اطلاق می شود. شوری، نوعی تنش غیرزنده می باشد و به مفهوم وجود غلظت زیاد املاحی است که مانع از رشد گیاه می شوند. به منظور ارزیابی واکنش ژنوتیپ های مختلف برنج به تنش شوری آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی با دو عامل شوری (در سه سطح 0 و 6 و 12 دسی زیمنس بر متر) و رقم (در 30 سطح) در سه تکرار انجام گردید. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که تفاوت بین ارقام و غلظت های شوری برای صفات طول ریشه چه، طول ساقه چه، نسبت طول ریشه چه به ساقه چه، درصد جوانه زنی، طول ریشه ، طول ساقه، وزن خشک ریشه، وزن خشک ساقه و زیست توده بسیار معنی دار می باشد. همچنین اثر متقابل رقم و شوری برای همه صفات بجز طول ریشه در سطح یک درصد معنی دار گردید. مقایسه میانگین ها بر اساس صفت اندازه گیری شده زیست توده، نشان داد که ارقام pokkali (mg 88/60)، طارم دیلمانی (mg 55/59)، نعمت (mg 66/54) و کوهسار (mg 55/53) دارای بالاترین میانگین و ارقام r9(mg 55/24)، ir29 (mg 27)، r2 (mg 22/29) و پویا (mg 55/29) دارای کمترین میانگین می باشند. همچنین ارزیابی ارقام از نظر تحمل به شوری با استفاده از شاخص های میانگین حسابی (mp)، تحمل (tol)، حساسیت به تنش (ssi)، میانگین هندسی (gmp)، شاخص تحمل به تنش (sti)، میانگین هم ساز صفت در دو محیط (hm)، شاخص عملکرد (yi) و شاخص پایداری عملکرد (ysi) بررسی شدند. نتایج حاصل از تحلیل همبستگی بین شاخص های مقاومت با زیست توده در شرایط بدون تنش و تنش حاکی از همبستگی بالای شاخص های hm، gmp، sti، mp و yi با زیست توده در شرایط تنش و بدون تنش بودند. بر اساس شاخص تحمل تنش میانگین هندسی بهره وری (gmp) در شوری کم (ds/m 6) ارقام طارم محلی، طارم دیلمانی، پرتو، نعمت، کوهسار و pokkali نسبت به سایر ارقام دارای قدرت تحمل بالاتری بوده و در شوری زیاد (ds/m 12) ارقام نعمت، کوهسار و pokkali جزء ارقام متحمل طبقه بندی شدند. بر اساس کد ژنوتیپی در شوری زیاد (ds/m 12) pokkali، کوهسار و نعمت گروه ارقام متحمل و براساس کد ژنوتیپی در شوری کم (ds/m 6) ir29، ir50، r2، فجر، کادوس و شیرودی گروه ارقام حساس را تشکیل دادند. از میان 5 نشانگر مورد بررسی، نشانگر rm8094 بیش ترین میزان آماره محتوی اطلاعات چندشکلی را به خود اختصاص داد و به عنوان بهترین نشانگر برای ارزیابی تنوع ژنتیکی نشانگرها در ناحیه saltol شناسایی شد و بیشترین میزان هتروزیگوتی مربوط به نشانگر rm10793 و بیش ترین میزان الل مربوط به ریزماهواره های rm10793 و rm8094 با 6 الل بود.