کنگرفرنگی (cynara scolymus) یکی از قدیمی ترین گیاهان دارویی است که امروزه به دلیل ترکیبات غنی آنتی اکسیدانی مورد توجه صنعت داروسازی است. افزایش تقاضا برای این ترکیبات و تولید اندک آن ها در گیاهان، توجه بشر را به علم بیوتکنولوژی و مهندسی ژنتیک به ویژه کشت بافت معطوف کرد. از آن جا که استر س های غیرزیستی از جمله شوری با تغییر در مسیر متابولیکی در سلول های کشت شده منجر به تغییر در تولید متابولیت های ثانویه می شود، لذا تحقیق حاضر در دو آزمایش جداگانه در قالب طرح کاملاً تصادفی به منظور بررسی اثر این عامل بر متابولیت های ثانویه گیاه کنگر فرنگی انجام شد. این دو آزمایش به دو صورت کشت مستقیم (کشت ریزنمونه) در محیط کشت جامد ms با غلظت های (0، 50، 150، 300، 600، 1200 میکرومولار nacl) و کشت غیرمستقیم (کشت کالوس) در محیط مشابه با غلظت های (0، 50، 150، 300، 600، 1200، 2000، 4000، 6000 و 75000 میکرومولار nacl) صورت گرفت. پس از چهار هفته صفات فیزیولوژیکی به همراه صفات بیوشیمیایی آن مورد مطالعه قرار گرفت. طبق نتایج این بررسی در دو کشت، افزایش غلظت شوری روند کاهشی در رنگدانه های درونی را نشان داد. همچنین مشاهده شد که در کشت مستقیم با افزایش شوری وزن تر کالوس کاهش یافت. به‏طوری که بیشترین وزن تر مربوط به شاهد و کمترین مربوط به سطح شوری 1200 میکرومولار بود. در کشت غیرمستقیم افزایش معنی داری در وزن تر تیمارهای شوری در مقایسه با شاهد مشاهده شد. به طوری ‏که بیشترین وزن تر مربوط به سطح شوری 7500 میکرومولار بود. در تمام سطوح شوری تراکم رنگدانه ها و همچنین وزن تر نمونه ها ی کشت مستقیم نسبت به نمونه های کشت غیر مستقیم بیشتر بود. بررسی تغییرات ترکیبات فنلی و آنتی اکسیدانی نشان داد که برخلاف کشت مستقیم در کشت غیر مستقیم، اختلاف معنی داری بر میزان درصد مهار رادیکال آزاد، اسید کلروجنیک و اسید کافئیک وجود دارد. بیشترین مقادیر این ترکیبات به ترتیب مربوط به تیمار 150 میکرومولار، شاهد و 2000 میکرومولار بود. بررسی تغییر پروتئینی نمونه ها تحت تاثیر شوری نشان داد که در کشت غیر مستقیم، نمونه‏های تیمار شده در غلظت 1200 میکرومولار nacl بیان پروتئین بیشتری را نسبت به شاهد نشان داد. با توجه به واکنش پذیری مناسب کالوس کنگرفرنگی به شوری از نقطه نظر شیمیایی و تغییرات پروتئینی، با بررسی بیشتر امکان انتخاب لاین‏های سلولی مناسب مقاوم به شوری برای تحقیقات اصلاحی درون شیشه‏ای فراهم می‏گردد.