هموفیلی b یک بیماری ژنتیکی خونریزی دهنده مغلوب وابسته به جنس ناشی از جهش در ژن فاکتور ix انعقادی است. جهش ها در ژن فاکتور ix باعث ناکارآمدی یا عملکرد نادرست فاکتور ix انعقادی می شوند. روش ایده آل برای تشخیص مولکولی این بیماری آنالیز مستقیم جهش های ژنی است. اما با توجه به تعداد بالای جهش های شناسایی شده در ژن مزبور، مشخص نبودن طیف جهش های شایع آن، اندازه بزرگ ژن فاکتور ixو طبیعت ناهمگن جهش ها، آنالیز مستقیم جهش برای هر خانواده با هموفیلی b بسیار وقت گیر و پر هزینه است. بنابراین بررسی غیرمستقیم جهش ها با روش آنالیز پیوستگی با استفاده از مارکر های چند شکلی در ناحیه ژنی فاکتور ix گزینه مناسبی در تشخیص پیش از تولد و تشخیص ناقلین بیماری هموفیلی b می باشد. در این خصوص شناسایی مارکرهایی با میزان هتروزیگوسیتی و تنوع ژنتیکی بالا در جمعیت ایرانی ضروری می باشد. در این مطالعه با استفاده از ابزار های بیوانفورماتیکی، مارکر های واقع در ناحیه ژنی فاکتور ix بررسی شدند و از بین مارکرهای موجود، دو مارکر چند شکلی تک نوکلئوتیدی (snp) rs438601 با توالی c/g واقع در اینترون شماره 3 ژن فاکتور ix و rs378815 با توالی t/c واقع در 5?utr این ژن به منظور مطالعه بیشتر این مارکرها در جمعیت ایرانی انتخاب گردیدند. این دو مارکر در ژن فاکتور ix با روشtetra-primer arms-pcr با پرایمرهای اختصاصی جدیداً طراحی شده در 142 زن کنترل غیرخویشاوند و 22 خانواده 2 نفری مادر- پسر و پدر- دختر در جمعیت ایرانی تعیین ژنوتیپ شدند. فراوانی آللی و درجه هتروزیگوسیتی برای افراد غیرخویشاوند با برنامه genepop تخمین زده شد و از آزمون ?2 برای بررسی تعادل هاردی واینبرگ در این افراد استفاده شد. فراوانی هاپلوتیپی در افراد غیرخویشاوند توسط نرم افزار powermarker و در خانواده ها به صورت دستی محاسبه گردید. محاسبه عدم تعادل پیوستگی در افراد غیرخویشاوند نیز با برنامه powermarker انجام گردید. فراوانی آللی برای آلل های c و g مارکر rs438601 به ترتیب 83/71% و 17/28% و برای آلل های t وc مارکر rs378815 به ترتیب 10/58% و 90/41% محاسبه شد. میزان هتروزیگوسیتی بدست آمده برای هر مارکر به ترتیب 52/53% و 39/82% می باشد. بررسی تعادل هاردی-وینبرگ (hwe) با استفاده از آزمون ?2 نشان می دهد که جمعیت ایرانی برای این دو مارکر در تعادل است. ترکیب این دو مارکر منجر به شناسایی سه هاپلوتیپ گویای c-c، c-t و g-t(فراوانی بالای 5%) در ناحیه ژنی فاکتور ixدر آنالیز غیرخویشاوندی و خویشاوندی شد. مقادیر ?d و ارزشp بدست آمده برای جفت مارکر rs378815-rs438601 بیانگر وجود عدم تعادل پیوستگی (>0?d p value<0.05,) است. وجود عدم تعادل پیوستگی بین مارکر خارج ژنی rs378815 و مارکر داخل ژنی rs438601 نشان دهنده پیوستگی بین ژن فاکتورix و جایگاه rs378815 می باشد. نتایج حاصل از این مطالعه نشان می دهد که هتروزیگوسیتی بالا در دو مارکر rs438601 و rs378815 در جمعیت ایرانی و همچنین پیوستگی مارکر rs378815به ژن فاکتور ix، این دو مارکر را به مارکرهایی با کارایی بالا در تشخیص غیرمستقیم هموفیلی b تبدیل کرده است. همچنین سه هاپلوتیپ c-c، c-t وg-t به دلیل فراوانی بالا به عنوان هاپلوتیپ های گویا در جمعیت ایران معرفی شدند که می توانند به عنوان ابزارهای مناسب در شناسایی افراد ناقل و تشخیص پیش از تولد هموفیلی b در این جمعیت استفاده شوند.