تجزیه و تحلیل و پیش بینی میزان فرسایش و رسوب گذاری در رودخانه ها از پیچیده ترین مباحث انتقال رسوبات بوده و شناخت و پیش بینی این تغییرات در راستای کنترل رودخانه ها ضروری به نظر می رسد. در سال های اخیررسوب گذاری انجام شده در بستر رودخانه سیستان، کاهش قابل توجه آبگیری رودخانه را به دنبال داشته است. در شبیه سازی رودخانه ها استفاده از مدل های ریاضی به دلیل وقت گیر و پرهزینه بودن مدل های فیزیکی، مرسوم تر می باشند. در این تحقیق از hec-ras و gstars که از جمله مدل های مرسوم یک بعدی در مهندسی رودخانه می باشند، جهت پیش بینی فرسایش و رسوب گذاری در رودخانه سیستان استفاده گردید. در این راستا ابتدا روابط انتقال رسوب مورد استفاده در دو مدل hec-ras وgstars از نظر توانایی برآورد رسوبات رودخانه سیستان در ایستگاه هیدرومتری کهک مورد مقایسه قرار گرفته است سپس شبیه سازی رودخانه سیستان با هر دو مدل در شرایط مشابه در طول سال آبی 86-1385صورت گرفته است. نتایج مقایسه روابط انتقالی رسوب در دو مدل hec-ras و gstars نشان می دهد که رابطه توفالتی در هر دو مدل بهترین جواب را داشته اند اما مدل gstars مجموع میانگین خطای کمتری داشته است. نتایج شبیه سازی سیلاب سال 86-1385 با دو مدل hec-ras و gstarsنشان می دهد که مدل gstars با برآورد 526696 مترمکعب رسوبات رودخانه را در بازه دوشاخه تقسیم جریان رودخانه هیرمند در جریکه تا سد سیستان، رسوبگذار تعیین نموده اما مدل hec-ras با برآورد 135019 مترمکعب رسوبات رودخانه را فرسایش شونده تعیین نموده است.مقایسه تغییرات مقاطع عرضی شبیه سازی شده در دو مدل hec-ras و gstars نشان می دهد که مدل gstars به دلیل بهره گیری از مفهوم لوله جریان، فرسایش و رسوب گذاری در مقاطع عرضی را بهتر شبیه سازی کرده است.