افزایش مصرف جهانی انرژی و نیز مسیله ی گرم شدن کره ی زمین بکارگیری انرژی های تجدید پذیر را اجتناب ناپذیر ساخته است.پیل های سوختی یکی از بهترین گزینه ها برای بهره برداری از انرژی های پاک است که یکی از انواع آن پیل سوختی متانول مستقیم است که در این تحقیق به بحث مدل سازی و حل معادلات حاکم بر آن پرداخته شده است.در این تحقیق علاوه بر مدل سازی پیل سوختی متانول مستقیم بدون در نظرگیری اثر عبور سوخت از غشا مدل دیگری که این اثر را هم در نظر می گیرد ارایه شده و دو مدل با هم مقایسه گردیده است.همچنین اثر شرایط کارکردی مانند سرعت سیال های ورودی به پیل بر عملکرد پیل بررسی شده است.