مراد از نظریه فطرت این است که خداوند چیزی را طوری بیافریند که خواه ناخواه افعال خاصی را انجام دهد و آثار خاصی از آن پدید آید. وقتی این نظریه در مورد انسان مطرح می شود به این معناست که خداوند انسان را به گونه ای آفریده است که به طبع و ارتکاز خود خدا را می شناسد و به سوی او گرایش دارد. در قرآن کریم، در موارد متعددی به موضوع فطرت اشاره شده، ولی کلمه فطرت تنها یک بار استعمال شده است و آن در آیه 30 سوره روم می باشد که مهم ترین آیه در رابطه با این موضوع محسوب می شود و به آیه فطرت معروف است. در این تحقیق ابتدا مباحثی کلی پیرامون فطرت از نظر ملاصدرا و علامه طباطبائی مطرح کرده و در ادامه آراء فلسفی این دو دانشمند در مورد این آیات مقایسه می شود. به این جهت که اکثر آیات مربوط به فطرت، در مورد خداشناسی فطری است، عمده بحث ما نیز به همین موضوع معطوف می شود. نتیجه بررسی و مقایسه نظرات تفسیری این دو دانشمند، این است که در مباحث اساسی فطرت، مانند اعتقاد به خداشناسی فطری به معنای علم حضوری فطری، محال بودن اعتقاد به خداشناسی فطری به معنای علم حصولی به ذات او، گرایش فطری به کمال و سعادت، نفی علم حصولی از انسان در ابتدای تولد و نوع واحد بودنش در ابتدا، اتفاق نظر میان دو دانشمند مورد نظر وجود دارد. در مقابل، اختلاف نظرهای جزئی میان آنان وجود دارد، از قبیل اختلاف در خداشناسی فطری به معنی شناخت خدا به علم حصولی بدیهی، اختلاف دیدگاه در تفسیر آیه میثاق و اختلاف نظر در مورد تفسیر آیات 75- 79 سوره انعام. در ادامه به موضوعاتی اشاره شده است که ملاصدرا آن ها را مطرح کرده است، ولی در آثار علامه به آن ها اشاره ای نشده است و بالعکس. برخی از مباحثی که تنها توسط ملاصدرا طرح گردیده عبارتند از تعریف فطرت به حالت اعتدال روح، مترادف دانستن فطرت با ذات، این که استعداد کسب معارف در انسان، از جمله مصادیق فطرت محسوب می شود، این که فطرت انسان مجموع فطرت روح و بدن است، برهان بر علم بسیط انسان به خدا بر مبنای شناخت حقیقت ادراک و عین الربط بودن موجودات. برخی از موضوعاتی که تنها علامه طباطبائی بیان کرده اند عبارتند از تقریری از برهان فطرت بر مبنای حس حقیقت جویی انسان، نتایج التزام و عدم التزام بر فطرت، فطری بودن اصول ادیان، فطرت را منشأ تشریع دانستن و بیان برخی گرایش های فطری انسان. یکی از عواملی که زمینه ساز این امر می باشد، این است که نوع نگاه صدرا صرفاً فلسفی و کلامی است ولی علامه علاوه بر این، رویکرد اجتماعی هم دارد.