آنچه از ابتدای شکل گیری بنای آقابزرگ می توان گفت این است که این بنا بر بستری شکل گرفته که از دوران قبل از آن نیز محلی با بناهای مذهبی چون مسجد و مدرسه و در واقع مرکزی برای تجمع بناهای عمومی بوده است. بدین ترتیب مکان یابی ساخت این بنا بر اساس یک منطق شهری صورت گرفته است. با وجود مکان مناسب انتخاب شده، زمین موجود زمینی کشیده و نسبتا کم عرض بوده است. همچنین وجود آثار شبستانی قدیمی تر در بخش شمالی و نیت طراح برای نگهداری آن، حکایت از بستری دارای محدودیت دارد که طراح با آن مواجه بوده است. دسترسی و موقعیت بنا در حال حاضر نسبت به طرح اولیه تغییری اساسی کرده است. در حال حاضر کوچه ای همراستا با محور طولی اثر و در مقابل بخش شمالی قرار دارد که بنا به سمت آن رو کرده است در حالی که در گذشته این معبر وجود نداشته است و دسترسی اصلی یک معبر شرقی غربی بوده است. در حالت کنونی دسترسی مستقیم جلو ورودی محوری هدایت گر به سمت بنا ایجاد کرده است و دسترسی شفاف و واضح است اما در طرح اولیه بنا در بافت ادغام شده و علیرغم شاخص بودن اثر در بافت، دسترسی بنا مانند حالت کنونی نیست. طراح، شبستانی جدید را به شبستان موجود قبلی الحاق کرده است. همچنین کل مجموع? بنا را به سه بخش اصلی شمالی، میانی و جنوبی تقسیم کرده است. بخش های شمالی و جنوبی توده هایی هستند که یک فضای باز میانی را در میان خود دارند. بدین ترتیب یک حیاط میانی بوجود آمده است که مرکز توجهات توده ها و نقط? عطف بنا است. قرارگیری یکی در میان توده ها و فضاها در راستای طولی اثر باعث ایجاد یک ریتم پرو خالی در انتظام کلی پیکر طرح شده است. این نوع انتظام را می توان با مجموع? شاه نعمت الله ولی در کرمان مقایسه کرد. تصمیم گیری طراح برای ایجاد یک گودال باغچه در داخل حیاط (بعد از اید? حیاط میانی) که توانسته در جای گیری فضاهای مهم مدرسه و تفکیک محیط مدرسه از مسجد کارساز باشد، از تصمیمات اساسی بوده است. همچنین تمایل گودال باغچه به سمت بخش شمالی و ادغام با نمای شمالی از کارهایی است که باعث ایجاد نوعی تعادل در نسبت ارتفاعات دو سمت حیاط شده است. نمای شمالی حیاط با دو بادگیر در طرفین و شکست ها متعدد و عقب نشینی در بخش مهتابی، نمایی صمیمی و خانگی و البته انعطاف پذیر شده است در حالیکه در سمت مقابل نمای جنوبی با گنبد عظیم آجری و دو مناره در طرفین آن بر روی یک بدن? مستحکم و نسبتا مسطح قرار گرفته اند، نمایی رسمی و ایستا است. نماهای شرقی و غربی حیاط شامل تاق نماهایی با عمق نسبتا زیاد هستند. عمق تاق نماها فقر فضایی این دو جداره را تا حدی پنهان کرده است. گنبدخان? بنا، دیوار قبله و به طور کلی محراب ندارد و این در نوع خود خاص و تازه است. گنبدخانه را می توان یک گنبدخان? کوشکی نامید که از اطراف به سمت بیرون گشودگی دارد. وجود دو حیاط شرقی و جنوبی امکان گردش مخاطب حول بخش جنوبی و مشاهد? حجم گنبدخانه و نماهای آن را به مخاطب را می دهد. به طور کلی در مسجد و مدرس? آقابزرگ شفافیت و سیالیت دید و حرکت در همه جا احساس می شود. در این اثر فضاهای باز و نیمه باز به صورت قابل توجهی بکار گرفته شده و بطور کلی دارای تنوع فضایی است. فضاهای بنا بر اساس سلسله مراتب خطی و روی دو دو محور قابل تصور هستند . ابتدا سلسله مراتب محور طولی که از سردر آغاز می شود و تا حیاط جنوبی ادامه می یابد. سلسله مراتب دیگر را می توان روی محور عمودی در مرکز حیاط متصور شد که مرتب? فضاها بر اساس فاصل? آن ها از سطح حیاط است.