جنس alternaria یکی از فراوان ترین جنس های قارچی است که در مکان های متنوعی در سراسر دنیا یافت می شود و شامل گونه های بیماری زای گیاهی و پوده زی است که باعث وارد شدن خسارت به بسیاری از گیاهان و یا موجب فساد محصولات کشاورزی پس از برداشت می گردند. میزان خسارت در گونه های بیماریزای گیاهی متغیر است. تعدادی از گونه های این جنس بیماریزای گیاهان بوده و بیماریهای مهم و اقتصادی را در تعدادی ازگیاهان ایجاد می کنند. برخی از گونه ها به صورت پوده زی زندگی کرده و به دلیل تولید توکسین در مواد غذایی یا علوفه ها اهمیت زیادی دارند و تعدادی از آنها بیمار یزای انسان و دیگر جانوران بوده و از عوامل مهم ایجاد حساسیت محسوب می شوند. این جنس بر اساس تعداد کل میزبان های ثبت شده در ردیف دهم در بین 2000 جنس قارچی بیماری زا قرار می گیرد. چندین گونه از جنس alternaria به عنوان عوامل مفید کنترل بیولوژیکی در کنترل بعضی از علفهای هرز و قارچ های بیماری زای گیاهی گزارش شده اند. در این مطالعه با استفاده از توالی ریبوزومی its تعداد 21 جدایه از چهار گونه alternaria arborescens، a.raphani، a. brassicicola و a. alternata با روش های اتصال همسایه، بیزین، درست نمایی بیشینه و صرفه جویی بیشینه مورد آنالیز فیلوژنتیکی قرار گرفت که در این میان، روش اتصال همسایه به عنوان بهترین روش برای تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. جدایه های مورد مطالعه 5 گروه جداگانه را تشکیل دادند. جدایه های کوچک هاگ گونه های a. arborescens و a. alternata که مربوط به گروه گونه ای alternata می باشند از همدیگر تفکیک نشدند. جدایه های a. raphani و a. brassicicola هر کدام تشکیل یک گروه جداگانه دادند. جدایه a.raph10 از گونه a. raphani که تشکیل یک گروه مجزا داد، دارای تشابه فراوانی با گونه a. infectoria و دو جدایه a.raph7 و a.raph8 دارای تشابه زیادی با جنس ulocladium بودند. نتایج این پژوهش نشان داد که توالی ریبوزمی its قادر است برخی از گونه های alternaria را از هم تفکیک کند و همچنین تنوع ژنتیکی برخی گونه ها مانند a. raphani را به وضوح ارایه نماید.