در این پایان نامه، ابتدا به مطالعه ساختار پروتئین و خواص شیمیایی اسید آمینه های تشکیل دهنده ی پروتئین می پردازیم. سپس نمایش‏ های گرافیکی دو بعدی‏ و همچنین توصیفگر ریاضی و نمایش عددی از ‎دنباله های پروتئین‎‏ ‏ارائه می دهیم و در ادامه کاربرد این نمایش ها را برای مقایسه دنباله ها در نظر می گیریم و ماتریس تفاوت و تشابه برای دنباله های پروتئین nd5 نه گونه را مورد بررسی قرار می دهیم. مراجع اصلی این پایان نامه، مراجع [2]و [19] هستند.