کانسار گزستان در استان یزد و در حدود 78 کیلومتری شرق شهرستان بافق واقع شده است. این محدوده بخش کوچکی از بلوک پشت بادام- بافق است. قدیمی ترین سنگ های این ناحیه مربوط به پرکامبرین است که شامل مجموعه ای از سنگ های دگرگونی شیست، گنایس، مرمر و آمفیبولیت است. بر اساس نقشه ی زمین شناسی 1:20000 و 10000/1گزستان، قدیمی ترین واحد رخنمون یافته در محدوده شامل تناوبی از دولومیت های تیره، شیل، ماسه سنگ، توف های سری ریزو به سن پرکامبرین-کامبرین زیرین می باشد که در شمال شرق و غرب محدوده رخنمون دارد. عمده ترین مجموعه سنگ های آذرین در ناحیه گزستان به سری ریزو مربوط می شود. از نظر ترکیب سنگ شناسی دامنه ی وسیعی از سنگ های بازیک (گابرو- دیاباز) تا اسیدی (ریولیتی و ریوداسیتی) را در بر گرفته و انواع نفوذی، نیمه عمیق و خروجی را شامل می گردد. در یک نگاه کلی واحدهای سنگی منطقه به 4 گروه قابل تقسیم می باشد: 1- سنگ های رسوبی- آواری به سن پرکامبرین بالایی- کامبرین زیرین، 2- واحدهای سنگی ولکانیکی حدواسط- اسیدی (ریولیت، داسیت، تراکیت) که برروی تشکیلات رسوبی- آواری قرار می گیرند. این واحد در برگیرنده بخش اصلی کانه زایی است. 3- توده های نفوذی در منطقه گزستان شامل دو گروه عمده ی توده های نفوذی اسیدی و بازیک می باشند. این توده های نفوذی در داخل واحدهای قدیمی دیده می شود و در بعضی قسمت ها تبدیل آن ها به سنگ های سبز تدریجی است. توده های بازیک دارای ترکیب گابرو و سینیت هستند. 4- تراس های آبرفتی، رسوبات مخروط افکنه ای، دشت سیلابی و رسوبات آبراهه ای. ماده معدنی شامل ترکیبی از آهن - آپاتیت است که به مقدار کمی با کانی های سولفیدی (پیریت و کالکوپیریت) و برخی کانی های نادر خاکی (آلانیت، اورتیت و مونازیت) همراه می باشد و غالباً به فرم های برشی، نواری، توده ای، استوک ورک و رگه ای در سه نسل کانه زایی در داخل سنگ های سبز (?g.r) و به مقدار کم در داخل سنگ های ولکانیکی واحد (?v.r) رخ داده است. دگرسانی سنگ میزبان در کانسار گزستان از نظر کانی شناسی، ترکیب شیمیایی و بافتی متنوع است و می توان آن را در 8 گروه عمده تقسیم بندی کرد. این دگرسانی ها شامل دگرسانی های سریسیتی، کلریتی- اپیدوتی، سیلیسی، کربناتی، تورمالینی، پتاسیک و مارتیتی شدن مگنتیت و متاسوماتیسم آپاتیت می باشد. در این میان دگرسانی کلریتی و سیلیسی بیشترین گسترش را دارند. زون های اکسید آهن اغلب همراه با زون های دگرسانی کلریتی و گاهی رگه های سیلیسی دیده می شوند. حضور زون های دگرسانی در مجاورت زون کانی سازی نشان دهنده حضور سیال هیدروترمالی در منطقه می باشد. ذخایر مگنتیت- آپاتیت بافق از جمله منطقه گزستان حاوی مقدار بالایی از عناصر نادر خاکی بوده (غنی شدگی lree و تهی شدگی hree) و نسبت بالایی از lree/hree را همراه با آنومالی منفی مشخصی از eu نشان می دهد. این الگو از ویژگی های بارز آپاتیت با منشا محلول ماگمایی است. الگوی مذکور مشابه با الگویree در آپاتیت های کانسار آهن کایرونا است. مقایسه مهم ترین ویژگی های کانسار آهن آپاتیت دار گزستان (مانند کا نه زایی و ژئوشیمی) با تیپ های مختلف کانه زایی آهن در دنیا، نشان می دهد که این کانسار بیشترین شباهت را با کانسارهای آهن- آپاتیت تیپ کایرونا دارد. مطالعه سیالات درگیر آپاتیت های نسل سوم، نشان می دهد که حداکثر درجه حرارت به دام افتادن سیالات درگیر cْ 185 و شوری این سیالات بین 29 تا 35 درصد وزنی معادل نمک طعام تخمین زده شده است. از آنجا که حرارت تشکیل این سیالات بالا نیست و سیالات درگیر مطالعه شده بیشتر اولیه هستند. می توان نتیجه گرفت که سیالات همراه در زمان تشکیل آپاتیت های نسل سوم سیالات ماگمایی حرارت یا بین یا همان سیالات گرمابی بوده اند. با توجه به مطالعه ی پتروگرافی، مینرالوگرافی و مخصوصاً ژئوشیمیایی، برای کانسار گزستان می توان منشأ گرمابی را نظر گرفت که احتمالاً مجموعه ی پیچیده ای از عوامل گوناگون کانه زایی در تشکیل آن دخالت داشته است. احتمالاً محلول گرمابی از یک ماگمای مافیک که طی مراحل تفریق ایجاد شده است و نیز وجود محیطی ولکانیکی برای تشکیل کانسار محتمل تر به نظر می رسد.