ترکمن ها در قرن چهارم هجری به نواحی شمال شرقی ایران وارد شدند. سلجوقیان که موفق به تاسیس حکومتی درایران شدند طایفه ای از آنان بودند ترکمن ها همواره به خاطر مشکلات معیشتی به نواحی مرزی ایران یورش می آوردند. از دوره صفویه مسائل مذهبی نیز به آن اضافه شد. ترکمن ها و قاجارها با توجه به ریشه مشترکی که با هم داشتند، در ابتدای دوره ی قاجار با هم همکاری صمیمانه ای داشتند.آقا محمدخان با اینکه در آغاز کار از وجود ترکمن ها برای تثبیت قدرت خود استفاده نمود،اما از آنجا که وی پس از نشستن بر تخت سلطنت، حکمران کشور شده و در مقابل نظم و امنیت آن، خود را مسئول می دانست، ناگزیر در مقابل تعرضات ترکمن ها به شیعیان خراسان و استرآباد نمی توانست ساکت بماند و لذا از این روی به سرکوب آنها پرداخت. با روی کار آمدن فتحعلی شاه، ترکمن ها دوباره به غارت و تجاوز به نواحی مرزی پرداختند و با حمله به کاروان ها و روستاهای مرزی، مردم شیعه را به اسارت می بردند. تا اینکه عباس میرزا در جنگ سرخس آنها را سرکوب کرد. اما در دوره محمدشاه باز هم به اقدامات تجاوز کارانه خود ادامه دادند. از جمله دلایلی که منجر به دشمنی میان این دو طایفه شد، دخالت های دولت های روس و انگلیس و همچنین مسائل اقتصادی و مذهبی بود، که تا پایان حکومت قاجاریه ادامه داشت. جنگ های به وجود آمده میان این دو قدرت باعث گردید نظارت دولت مرکزی ایران، بر سرزمین های ترکمن نشین مبهم و بی تأثیر شود و به تدریج حاکمیت دولت مرکزی بر آن ناحیه،از بین برود.