در این آزمایش 48 ژنوتیپ برنج بومی ایرانی، اصلاح شده و خارجی از نظر خصوصیات تغذیه ای شامل محتوای آهن و روی، پروتئین، فیتات و محتوای آنتی اکسیدان ها، مورد ارزیابی فنوتیپی و مولکولی قرار گرفتند. شاخص های تنوع ژنتیکی بوسیله ی 24 نشانگر ریزماهواره ی مرتبط با صفات، محاسبه و پس از آن میزان ارتباط بین این نشانگرها و صفات تعیین شد. نتایج تجزیه واریانس برای تمامی صفات در سطح یک درصد معنی دار بود و مقایسه میانگین، ژنوتیپ هایی مانند بینام، لاین 6 و norin22 را از نظر میانگین صفات تغذیه ای، برتر از بقیه نشان داد. نتایج همبستگی نشان داد مقدار عنصر آهن با مقدار عنصر روی و پروتئین با آهن و روی همبستگی مثبت و معنی داری در سطح احتمال یک درصد دارند. فیتات نیز همبستگی منفی با مقدار این دو عنصر داشت. تجزیه خوشه ای ژنوتیپ ها را به چهار گروه تقسیم نمود که در این بین ژنوتیپ های گروه چهارم به لحاظ ارزش صفات تغدیه ای آهن، روی، فلاونوئید و دو آنزیم آنتی اکسیدانی از میانگین بالاتری نسبت به سایرین برخوردار بودند. واریته های بومی بینام، سالاری، دم سفید، طارم محلی و سنک جو در این گروه قرار گرفتند. نتایج تجزیه به عامل ها و الگوی پراکنش دو بعدی ژنوتیپ ها براساس دو عامل اول نشان داد اکثر ژنوتیپ های مورد بررسی از محتوای آهن، روی و ترکیبات مفید آنتی اکسیدانی ضعیفی برخوردار هستند. بنابراین طراحی و اجرای برنامه های اصلاحی برای بهبود این صفات در برنج ضروری می باشد. طبق نتایج تجزیه مولکولی، pic نشانگرها بین 0/3 تا 0/5، شاخص شانون بین 0/37 تا 0/61 و ضریب نی بین0/22 تا 0/42 متغیر بود. در مقایسه ی کلی، نشانگرهای rm305 و پس از آن rm179 و rm207 بیشترین تنوع و نشانگرهای rm289 و rm259 کمترین تنوع را به خود اختصاص دادند. گروه بندی ژنوتیپ ها براساس داده های مولکولی با روش upgma ژنوتیپ ها را به دو گروه تقسیم بندی کرد که در گروه اول 26 ژنوتیپ و در گروه دوم 22 ژنوتیپ قرار گرفتند. از 15 ژنوتیپ اصلاح شده، 10 ژنوتیپ و از 9 ژنوتیپ خارجی، 7 تای آن در گروه دوم در کنار هم قرار گرفتند و اکثر ژنوتیپ های بومی در گروه اول بودند. قرارگرفتن ژنوتیپ های اصلاح شده و خارجی در کنار هم می تواند به این دلیل باشد که عموما ارقام اصلاح شده ی ایرانی در اثر گزینش ژرم پلاسم های وارداتی (irri) و یا دورگ گیری بین ارقام بومی و وارداتی به وجود آمده اند. نتایج تجزیه ارتباط، ضریب تبیین بالایی را بین صفات و نشانگرها مخصوصا در مورد آهن و روی با نشانگرهای rm421 و rm300 و پروتئین با نشانگر rm259 و فیتات با نشانگر rm208 نشان داد که بیان کننده ی ارتباط نزدیک بین این نشانگرها و صفات مورد بررسی است.