در حال حاضر مهارکننده های انتخابی cox-2 توجه زیادی را در طراحی داروهای ضدالتهاب غیر استروئیدی (nsaids) به خود جلب کرده اند زیرا آن ها عاری از اثرات جانبی معمول nsaidsهای کلاسیک اند. تحقیق پیش رو بر طراحی مهارکننده های جدید انتخابی cox-2 متمرکز است. ابتدا مدل های سه بعدی آنزیم های cox با مدل سازی هم سانی ساخته شدند. به منظور ساختن مدل های هم-سانی coxs، توالی های آمینواسیدی coxs از وب سایت ncbi گرفته شدند. این توالی ها به سرور سوئیس مدل ارسال شدند. نهایتا، ساختارهای کریستالی 1q4g و 3nt1 به عنوان قالب در نظر گرفته شدند. این قالب ها 85/93 و 2/88 درصد مشابهت توالی به ترتیب با cox-1 و cox-2 نشان دادند. سپس ساختارهای مدل سازی شده تحت شبیه سازی دینامیک مولکولی به وسیله ی گرومکس 4.5.5 قرار گرفتند تا ساختارهای تعادلی آن ها در شرایط فیزیولوژیکی حاصل شود. ترکیبات رهبر مناسب، به وسیله ی داکینگ 35 مهارکننده ی گزینشی انتخاب گردیدند. این ساختارها با گوس ویو رسم شدند و با گوسین 3 بهینه شدند. از روش hf و تابع پایه 3-21g به منظور بهینه کردن استفاده شد. بر طبق ساختارهای رهبر، ترکیباتی با اسکلت های جدید شامل هسته های تری آزول، پیرازول و ایمیدازول طراحی شدند. شبیه سازی داکینگ برای تمام ترکیبات طراحی شده در مقابل آنزیم ها انجام شد. ارزیابی ترکیبات طراحی شده با توجه به کارایی لیگاند، اندیس گزینش پذیری و خصوصیات i5، i15، i24، p18 ،admet،وp22 را به عنوان کاندیدهای دارویی جدید متمایز کرد.

در این مطالعه هدف ما بررسی اثر داروهای ضد سرطانی آلکیله کننده بر dna به منظور انتخاب ترکیب مناسب برای طراحی منطقی تر داروها است. به این منظور سه ساختار dna مورد نظر از پروتئین دیتا بانک انتخاب شد. سه ساختار dna به مدت 10 نانو ثانیه در دمای 310 کلوین شبیه سازی شدند و نمودار rmsd وتابع گردش مورد آنالیز قرار گرفت، همچنین ساختار هر یک از داروهای مورد نظر توسط نرم افزار هایپرکم رسم شد و توسط نرم افزار گوسین 0.3 بهینه سازی انرژی آن انجام شد. به منظور بررسی اثر داروهای مورد نظر بر dna از شبیه سازی اتصال مولکولی به کمک نرم افزار اتوداک وینا استفاده شد. خروجی این کار، انرژی اتصال g)?( ترکیب به dna در مای 310 کلوین بر حسب کیلوکالری بر مول بود. لیگاند ها در یکی از این ساختار ها به نحو مطلوب تری به dna متصل می شود. از این رو در نظر گرفتن کنفورماسیون های مختلف dna در محاسبه تمایل اتصال برای دقت بیشتر لازم است. همچنین جایگاه اتصال ترکیب بر dna مشخص گردید. از بین داروهای طراحی شده تعدادی از آن ها به عنوان داروهای منتخب برگزیده شدند.