در این مطالعه تاثیر سالیسیسلیک اسید بر برخی از ترکیبات فنلی و آناتومی در بابونه ی آلمانی ((matricaria chamomilla l مورد بررسی قرار گرفته است. تاثیر غلظتهای مختلف سالیسیلیک اسید در گیاهان نود روزه در کشت هیدروپونیک طی چهار روز بعد از تیمار مطالعه شد. در آزمایشهای اولیه از غلظتهای 0، 05/0، 125/0، 25/0 ، 5/0 و 1 میلی مولار سالیسیلیک اسید جهت تیمار گیاهان نود روزه ی m. chamomilla استفاده شد. به غیر از گیاهان تیمار شده با غلظتهای 05/0 و 125/0 میلی مولار سالیسیلیک اسید، بقیه ی گیاهان یعنی گیاهان تیمار شده با غلظتهای 25/0 ، 5/0 و 1 میلی مولار سالیسیلیک اسید بعد از 24 و 48 ساعت به ترتیب پژمرده شدند و از بین رفتند. نتایج حاصل از بررسی میزان آپی ژنین گل در گیاهان تیمار شده با 05/0 و 125/0 میلی مولار سالیسیلیک اسید نشان داد که گیاهان تیمار شده با 125/0 میلی مولار سالیسیلیک اسید در مقایسه با گروه شاهد و گیاهان تیمار شده با 125/0 میلی مولار سالیسیلیک اسید بیشترین میزان آپی ژنین را داشتند. در ادامه مطالعات، گیاهان تحت تاثیرغلظت 125/0 میلی مولار سالیسیلیک اسید قرار گرفتند. نتایج حاصل از hplc و سنجش فلاونوئید، آنتوسیانین و آپی ژنین نشان داد که میزان این ترکیبات نسبت به گیاهان شاهد افزایش معنی داری نشان می دهد. به طور کلی سالیسلیک اسید در غلظت 125/0 میلی مولار سبب افزایش فلاونوئید، آپی ژنین، آنتوسیانین ، قندهای محلول و ترکیبات ترپنوییدی کامازولن، گوایازولن و فارنزن نسبت به گروه شاهد می شود. نتایج حاصل از بررسی تاثیر 125/0 میلی مولار سالیسیلیک اسید بر بیان ژن آنزیمهای مسیر بیوسنتز آپی ژنین pal (فنیل آلانین آمونیالیاز) و fsii (فلاوون سینتاز) در اندام هوایی بابونه ، با استفاده از روش semi-quantitative rt- pcr در طی چهار روز بعد از تیمار نشان داد که بیان این ژن ها تا روز سوم به طور صعودی افزایش پیدا می کند و در روز چهارم روند کاهشی دارد. مقایسه ی بیان ژنهای fsii و pal با هم دیگر نشان داد که تیمار 125/0 میلی مولار سالیسیلیک اسید به طور کلی تاثیر بیشتری بر بیان ژن pal نسبت به بیان ژن fsii دارد. طبق نتایج به دست آمده از مطالعات میکروسکوپ الکترونی sem سطح برگ گیاه بابونه افزایش چین خوردگی کوتیکول و مومهای سطح آن در نمونه ی تیمار در مقایسه با نمونه ی کنترل مشاهده شد. همچنین تفاوت معنی داری در قطر دهانه روزنه در هر دو سطح تحتانی و سطح فوقانی برگ را نشان داد. در مقایسه با نمونه ی کنترل، قطر دهانه روزنه در هر دو سطح با تیمار mm 125/0 سالیسیلیک اسید افزایش یافت. اندازه سلول های محافظ روزنه در هر دو سطح تحتانی و سطح فوقانی نمونه ی کنترل و تیمار تفاوت معنی داری نشان دادند.