ماهی حلوا سیاه parastromateus niger جزء مهمترین ماهیان تجاری سواحل جنوبی ایران است که به دلیل افزایش آلودگی ها و بهره برداری و صید بی رویه ذخایر آن در حال کاهش می باشد و بنابراین ارزیابی جمعیت های این گونه به منظور حفظ ذخایر ارزشمند ژنتیکی آن ضروری است. در پژوهش حاضر تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت 32 عدد ماهی حلوا سیاه در سه منطقه بندرعباس، بوشهر و آبادان با استفاده از نشانگر ملکولی aflp با به کارگیری 7 جفت ترکیب پرایمر ecori/msei بررسی شد. در مجموع 381 باند قابل امتیاز دهی ایجاد شد که 46 باند پلی مورف بودند (07/12%). درصد باند پلی مورفیسم در ماهیان حلوا سیاه بوشهر (30/91%)، نسبت به آبادان (78/84%) و بندرعباس (91/73%) بیشتر بود. بیشترین هتروزیگوسیتی بر اساس ضریبnei و شاخص شانون به ترتیب در ماهیان حلوا سیاه بوشهر (16/0±381/0 و 21/0 ±548/0)، آبادان (18/0 ±345/0 و 24/0 ±501/0) و بندرعباس (20/0±297 /0 و 28/0 ±433/0) محاسبه شد. کمترین تعداد آلل های مشاهده شده و آلل موثر در جمعیت بندرعباس (44/0 ±73/1 و 40/0 ±53/1) و بیشترین در بوشهر (28/0 ± 91/1 و 34/0 ± 70/1) مشاهده گردید. بر اساس آنالیز pca، ماهیان بندرعباس، آبادان و بوشهر همپوشانی بالایی ندارند و جمعیت های جدا از یکدیگر را مشخص می کنند. بیشترین فاصله ژنتیکی و کمترین شباهت ژنتیکی میان نمونه های آبادان و بندرعباس (258/0 و 773/0) و کمترین فاصله ژنتیکی و بیشترین شباهت ژنتیکی بین نمونه های بوشهر و آبادان (159/0 و 853/0) مشاهده شد. آنالیز amova بیانگر اختلاف بین جمعیتی ماهیان سه منطقه به میزان 19% و اختلاف درون جمعیتی به میزان 81 % می باشد. کمترین مقدار fst و بیشترین میزان جریان ژنی بین جمعیت بوشهر و آبادان (152/0 و 80/2) و بیشترین مقدار fst و کمترین میزان جریان ژنی بین جمعیت بندرعباس و آبادان (219/0 و 24/1) برآورد شد. بر اساس درخت فیلوژنی حاصل از ضریبnei بر اساس روش upgma، ماهیان سه منطقه نمونه برداری به دو کلاستر تقسیم شدند که در یک گروه نمونه های آبادان و بوشهر و در گروه دیگر نمونه های بندر عباس قرار گرفتند.