یکی از مباحث مهمی که از گذشته تا به امروز توجه فیلسوفان بسیاری از غرب تا شرق را به خود معطوف کرده است مسئله نفس وچگونگی ارتباط آن با بدن است. مبحثی که از زمان سقراط و ارسطو وافلاطون تا دکارت و از زمان فارابی و ابن سینا و سهروردی تا ملاصدرا وسایر فیلسوفان تا به امروز ادامه داشته است، مسئله نفس ومباحث مربوط به آن است. صدرالمتالهین با تکیه بر نظریه ها ومبانی ویژه خود ازجمله اصالت وجود، تشکیک وجود و حرکت جوهری و جسمانیه الحدوث و روحانیه البقاء بودن نفس که حکیمان پیش از وی را به آن ها راه نبوده،مباحثی را درباره نفس به میان آورده که خواستگاه نوآوری هایی در نظام فلسفی او گشت. از نظر صدرا،نفس انسانی ازابتدای تحقق تا رسیدن به غایت نهایی خویش مقامات ودرجات کثیری را به تدریج طی می کند. از نظر وی نفس واجد نشئه های ذاتی و اطوار و درجات وجودی است.نفس در نظر ایشان در ابتدای تحقق و تعلق،جوهری جسمانی است، اما نفس در این مرحله ثابت وباقی نمی ماند وبه تدریج وبا حرکت اشتدادی ازنشئه دیگری وارد می شود وسیر تکاملی نفس هم چنان ادامه می یابد و به ذات خود متقوم می شود و از دار دنیا منفصل و به دار آخرت متصل شده و به سوی پروردگار خویش باز می گردد.نفس انسان در عالم طبیعت پس از این که به فعلیت کمالات بالقوه دست پیدا کرد در عالم آخرت براساس اعمال خود که در نفس او ملکه شده اند، برمبنای همین ملکات و صفات به خلق و ایجادبدن اخروی می پردازد. ملاصدرا معتقد است نفس پس از مفارقت از بدن دنیوی به عالم قیامت صغری که از آن به برزخ یاد می کند وارد می شود و بدنی مطابق آن عالم براساس ملکات نفسانی برای نفس پدید می آید و سپس از این عالم نیز جدا می شود و وارد نشئه آخرت که غایت و منتهی الیه همه ی انسان هاست رهنمون می شود و نفس از طریق تجرد قوه خیال، بدنی مطابق نشئه آخرت را خلق و ایجاد می کند. پس بر اساس اعتقاد صدرا، انسان ها در یک سیر طولی و قوس صعودی از ظاهر به باطن و از غیب به شهادت و از دنبا به برزخ و از آن جا به آخرت، به صورت تکوینی این سه عالم را طی می کند و در سه عالم همراه با بدن و «ماده ما» یی مطابق و هم سنخ آن عالم خواهند بود.