در کشور ما سالانه میزان زیادی از یارانه¬ها به منظور افزایش تولید در بخش کشاورزی اختصاص می¬یابد، اما نکته حائز اهمیت اینست که اغلب یارانه پرداختی به نهاده¬های تولید تخصیص می¬یابد که موجب ناکارآمدی و استفاده غیر بهینه نهاده¬ها می¬شود. از بین تمام عوامل تولید، آب به عنوان کمیاب¬ترین و مهمترین نهاده تولید محسوب می¬شود، از این رو تعیین اثر سیاست طرح تحول اقتصادی بر کارایی این نهاده ارزشمند، ضروری به نظر می¬رسد. به همین علت تحقیق حاضر تأثیر هدفمندسازی یارانه¬ها را روی کارآیی آب در بخش کشاورزی مورد بررسی قرار داده است. داده¬های مورد نیاز از طریق توزیع پرسشنامه برای سالهای زراعی 1389-1388و 1390-1389 در منطقه خاش جمع¬آوری شده است و برای تحلیل اطلاعات از روش تابع مرزی تصادفی استفاده شده است. به طور خلاصه نتایج برآورد مدل تابع تولید مرزی تصادفی نشان داد که دو نهاده¬ی آب و بذر ، تأثیر منفی روی تولید داشته¬اند، که می¬بایست با کاهش میزان مصرف آنها کارایی را افزایش داد، در مقابل سایر نهاده¬ها تآثیر مثبت و معناداری روی تولید داشته اند. همچنین نتایج مدل اثرات عدم کارایی قبل از یارانه ، نشان¬دهنده این است که پارامترهای سن گلخانه دار، میزان تجربه، دسترسی به اعتبارات، میزان سهمیه آب آبیاری و روش آبیاری تأثیر مثبت و معناداری بر کارایی واحدها داشته¬اند و در مقابل متغیرهای سطح سواد، شغل اصلی، مساحت گلخانه، مالکیت گلخانه و اندازه خانوار هیچکدام تأثیر معناداری روی کارایی فنی گلخانه داران نداشته اند. نتایج بعد از هدفمندسازی یارانه¬ها مانند حالت قبل از هدفمندی است با این تفاوت که دراین شرایط، مالکیت آب تأثیر منفی و معناداری روی کارایی داشته است. نتایج مربوط به محاسبه کارایی نهاده آب نشان می¬دهد که میانگین کارایی فنی نهاده آب گلخانه¬داران خاش قبل از هدفمندسازی یارانه¬ها 62% و بعد از هدفمندسازی به 73% افزایش یافته است که این موجب پذیرش فرضیه اول که مبنی بر وجود رابطه مثبت و معناداری بین حذف یارانه¬ها و افزایش کارایی آب است، می¬شود.