گیاه خاکشیر شیرین با نام علمی descurainia sophia یکی از گیاهان دارویی با ارزش است. متاسفانه در کشور ایران هنوز اکثر گیاهان دارویی از جمله خاکشیر شیرین از مراتع طبیعی برداشت می¬شوند. این فرآیند منجر به حذف تدریجی ژرم¬پلاسم¬های وحشی می¬گردد. به منظور نگه¬داری این گیاهان ابتدا باید بتوان آن¬ها را شناسایی کرد. برای شناسایی و دسته¬بندی دقیق¬تر ژنوتیپ¬های موجود یک گیاه، استفاده از تنوع ژنتیکی می¬تواند مورد توجه قرار گیرد. به کارگیری نشانگرهای مولکولی از جمله issr روشی است که در سال¬های اخیر توسط محققیق برای این منظور مورد استفاده قرار گرفته است. در این مطالعه تنوع ژنتیکی 15 اکوتیپ از دو استان یزد و همدان با نشانگر issr بررسی شد. با بررسی 181 مکان ژنی مجموعا 1141 باند امتیازدهی شد که 165 مورد از آن¬ها نشان¬دهنده چند¬شکلی بودند. به منظور ارزیابی شباهت ژنتیکی بین نمونه¬ها از تجزیه خوشه¬ای با استفاده از ماتریس تشابه جاکارد با روش upgma استفاده گردید. در نقطه برش دندروگرام حاصل از نمونه¬ها، اکوتیپ¬های یزد و همدان از هم تفکیک نشدند. نتایج amova نیز موید این مطلب است. به طوری که واریانس داخل گروه¬ها 90 درصد بود. البته در قبل از نقطه برش دو خوشه اصلی بدست آمده است که اکوتیپ¬های یزد همراه با h40، h41، h6، h24، h5 و h2 از همدان در یک خوشه و بقیه اکوتیپ¬های همدان در خوشه دیگر قرار گرفتند. نمودار دو بعدی بر اساس روش تجزیه به مختصات اصلی تهیه شد و با دندروگرام تنوع ژنتیکی تطابق مناسبی داشت. در این نمودار نیز نمونه¬ها در دو ناحیه (مطابق دو خوشه در دندروگرام) واقع شدند. علت این عدم تفکیک و شباهت ژنتیکی بالای این دو اکوتیپ می¬تواند به خاستگاه مشترک نمونه¬ها اشاره داشته باشد. محل اصلی رشد خاکشیر در کشور ایران در استان¬های مناطق شمالی، رشته جبال البرز و زاگرس است. به همین جهت احتمالا منشا اکوتیپ¬های یزد به منطقه همدان نزدیک بوده و گیاهان یزد در طول زمان به واسطه جریان ژنی و مهاجرت به این منطقه وارد شده¬اند. میانگین درصد چندشکلی میان نمونه¬ها 16/81 درصد و میانگین محتوای اطلاعات چند شکلی (pic) 77 درصد بود. آغازگر (ag)8t با 91% بالاترین مقدار pic را داشت. شباهت ژنتیکی بین اکوتیپ-های h5 و h2 حدود 68 درصد برآورد شد. میانگین شاخص نشانگر (mi) معادل 06/10 بود. از بین 12 آغازگر، (tg)8g با 48/14 شاخص نشانگری به عنوان آغازگر برتر برای مطالعات بعدی بر روی انواع خاکشیر در نظر گرفته شد.