هدف از انجام این پروژه، مطالعه حالات الکترونی مولکول بنزن در حضور ناخالصیهای مختلف است. ابتدا محاسبات را برای تک مولکول بنزن انجام داده و سپس با اضافه نمودن عناصر گوگرد و فسفر به عنوان ناخالصی و با رسم نمودار چگالی حالتها تغییرات انرژی گاف را اندازه گیری نموده ایم. مشاهده می کنیم که در همه این حالتها انژی گاف کوچک شده است. روش صحیح افزودن ناخالصی، به صورت قرار دادن آن نزدیک سیستم و ایجاد همپوشانی با اتم های مجاور است. سپس با اتصال اتم های گوگرد به عنوان گروههای تیول با اتم های جیوه و طلا از طرفین به عنوان الکترود به مولکول بنزن در واقع یک ترانزیستور مولکولی تشکیل داده ایم. نموار چگالی حالتها را در دو حالت مختلف با دو عنصر متفاوت جیوه و طلا رسم و تغییرات انرژی گاف را اندازه گیری نموده ایم. بطور کلی محاسبات ما در زمینه چگالی حالتهای مولکول بنزن در حضور ناخالصی های مختلف در حد امکانات موجود در توافق خوبی با سایر پژوهشهای نظری است. شایان ذکر است در این پروژه اثر افزودن ناخالصی های فسفر و جیوه روی خواص مولکول به کمک نرم افزار siesta برای اولین بار انجام گرفته است.