از میان فرآورده های تخمیری شیر، ماست بدون شک شناخته شده ترین و مقبول ترین محصولات در سراسر دنیا می باشد، در این پژوهش 63 نمونه ماست از استانهای مختلف و عمدتا استان فارس جمع آوری شد. به منظور جداسازی باکتریهای لاکتوباسیل غالب از محیط کشت mrs با 2/5 ph و در مورد گونه های کوکسی از محیط 17m استفاده شد. در ادامه تلاش شد با استفاده از آزمون های بیوشیمیایی شناسایی جدایه ها انجام شود. به دلیل متغیر بودن خصوصیات بیوشیمایی به خصوص الگوی تخمیر کربوهیدرات ها در اثر نقل و انتقالات پلاسمیدها و یا وفق پذیری جدایه ها با شرایط موجود در حین تولید و نگه داری ماست های بومی امکان شناسایی این جدایه ها بر اساس ویژگی های فنوتیپی به طور صد در صد وجود نداشت، بنابراین از آنالیز توالی ژن s-rdna16 به منظور شناسایی دقیق جدایه ها استفاده شد. با استفاده از آزمون pcr و به کارگیری یک جفت پرایمر قطعه ای از این ژن با 1200 جفت باز تکثیر شد. از میان 80 جدایه کوکسی مورد مطالعه 12جدایه مربوط به جنس استرپتوکوکوس ترموفیلوس و از 40 جدایه لاکتوباسیل، 15 جدایه متعلق به گونه لاکتوباسیلوس بولگاریکوس بود. با توجه به اینکه شناسایی این آغازگرهای بومی اولین گام برای استفاده از آنها در صنعت است، بنابراین ارزیابی خصوصیات تکنولوژیک آنها بسیار با اهمیت می باشد. مهم ترین معیار در انتخاب جدایه های کوکسی برای تولید ماست توانایی آنها در تولید اسید به خصوص در طی4 الی 5 ساعت اولیه می باشد، بنابراین توانایی تولید اسید در شیر با استفاده از اندازه گیری اسیدیته و میزان phدر زمانهای مختلف پس از تلقیح بررسی شد. سه جدایه کوکسی بیش ترین توانایی را در تولید اسید همراه با کاهش دادن ph به زیر 3/5 در طی 6 ساعت اولیه گرمخانه گذاری داشتند. میزان مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک های مورد استفاده در درمان بیماری دام که به طور ناخواسته به شیر راه می یابند و با جلوگیری از رشد باکتریهای آغازگر سبب بوجود آوردن خسارات اقتصادی جبران ناپذیر در صنعت می شوند نیز مورد بررسی قرار گرفتند. کلیه جدایه های کوکسی و لاکتوباسیل مورد مطالعه نسبت به آنتی بیوتیکهای آمپلی سیلین، پلی میکسین-b، کانامایسین، استرپتومایسین، جنتامایسن، تری متوپریم سولفامتوکسازول مقاوم بودند. در بررسی توانایی آنتاگونیسمی جدایه های مورد مطالعه طیف ضد میکروبی وسیع تری نسبت به باکتری های گرم مثبت در مقایسه با باکتری های گرم منفی داشتند. با توجه به اینکه این باکتریها میکروفلور محصولات تخمیری لبنی هستند، بنابراین می توانند در جلوگیری از فساد و کنترل عوامل بیماری زا در این محصولات نقش مهمی را ایفا کنند.