بحث روح و نفس از جمله مباحث مهم فلسفی است که بخش مهمی از تلاش های علمی فلاسفه را به خود اختصاص داده است. نظرات علامه طباطبایی در این باب به صورت پراکنده در تفسیر المیزان و آثار فلسفی ایشان گنجانده شده است. آنچه این اثر را از سایر تحقیق های همسان خود متمایز می کند جامعیت آن در بحث حقیقت روح و نفس از دیدگاه او می باشد. ایشان در قسمت های مختلفی از کتاب مذکور فرقی بین روح و نفس قائل نشده اند. از نظر ایشان «نفس» در طی سه مرحله، به سه معنا به کار رفته است؛ به معنای هر آنچه که «نفس» به آن اضافه شده، به معنای شخص انسان و به معنای «روح انسان». نفس جوهری است ذاتاً مجرد و در مقام فعل مادی، جوهر و عرض از معقولات ثانیه فلسفی اند، یعنی ذهن مستقیماً از راه حواس به آنها نرسیده است، بلکه آنها را از معقولات اولیه انتزاع نموده است.پس روح و نفس را جوهری است که ذاتاً مجرد از ماده ولی در مقام فعل متعلق به آن می باشد.وی برای نشان دادن تجرّد روح و نفس، به بهره گیری از آیات و روایات و با استدلال به مجرّد بودن شعور و ادراک به اثبات تجرّد نفس و روح پرداخته است و در پرتو نظریه حرکت جوهری، به حدوث جسمانی و بقای روحانی نفس اذعان می نمایند.از نگاه او، نفس و روح را در ابتدای وجود فاقد هرگونه کمال ثانویند،از این رو، نفس برای کسب این کمالات ثانوی به بدن نیازمند است.نفس و روح بعد از سیر آفاقی و انفسی در اثر تعلیم و تربیت کمالاتی برای خودش کسب می کند که با وجود او نوعی وحدت پیدا می کند. در نشئه برزخ، نفس و روح همراه با جسمی مثالی که اعمال و ملکات نفس آن را ساخته است از زندگی شیرین و یا ناگوار بر خوردار بوده و با همان زندگی در انتظار روز رستاخیز عمومی به سر می برد. علامه به هر دو معاد جسمانی و روحانی معتقد است وانسان محشور در قیامت را به ملاک وحدت نفس با انسان دنیوی و به ملاک مثلّیت دو بدن تصویر می کند.