هپاتیت مزمن سی یکی از شایع¬ترین علل نارسایی مزمن کبد و پیوند کبد در جهان محسوب می شود. تقریباٌ 3 درصد جمعیت جهان یعنی بیش از 180 میلیون نفر آلوده به این ویروس هستند. احتمال پاسخ به درمان در بیماران بسته به ژنوتیپ ابتلایی متفاوت است. اگر فرد به ژنوتیپ نوع اول مبتلا شده باشد امکان درمان او کمتر از 50 درصد و طول دوره درمان 48 هفته است ولی در ژنوتیپ نوع دوم و سوم این احتمال به بالای 80 درصد می رسد و طول دوره درمان نیز به 24 هفته کاهش می باشد. از این رو تعیین ژنوتیپ ابتلایی قدم اول در تعیین پروسه درمانی می باشد. اگر بتوان قبل از شروع درمان نوع ژنوتیپ درگیر را مشخص نمود، پروتکل درمانی می تواند بسیار موثر باشد. از طرف دیگر چون هزینه درمان بسیار سنگین می باشد، این پیش آگهی می تواند بسیار کمک کننده باشد. بنا به اهمیت این موضوع برآن شدیم تا در این پایان¬نامه با استفاده از الگوهای تکرارشونده در توالی ژنومی ویروس و بدون نیاز به علائم بالینی، به شناسایی ژنوتیپ ابتلایی بپردازیم. در این راستا ابتدا با استفاده از متن¬کاوی الگوهای تکرارشونده از توالی ژنومی استخراج شدند. سپس با استفاده از وزن¬دهی الگوها، برای اولین بار دو بیومارکر cgggaggtctcgtagaccgt و aacctcaaagaaaaaccaac به ترتیب برای ژنوتیپ 1 و 2 معرفی شدند. در ادامه سه مدل القای درخت و مدل بیزی خام روی داده ها برازش داده شدند. مدل بیزی خام دقتی برابر 100 درصد داشت و در میان مدل¬های القای درخت، پرتکرارترین درخت دقتی برابر 98.8 درصد و دقیق¬ترین درخت دقتی برابر 99.6 درصد داشت. با وجود نتایج بهتر مدل بیزی خام، درمجموع با توجه به نوع داده های مورد بررسی، نتایج حاصل از مدل های القای درخت از اطمینان بیشتری برخوردارند. این نتایج نشان دادند که از توالی یابی می توان برای شناسایی ژنوتیپ¬های ویروس استفاده کرد.