dna هدف اولیه بسیاری از داروهای ضد سرطان کلینیکی است. که در فرایندهای مهم سلولی شامل همانندسازی و نسخه¬برداری از ژن¬ها نقش دارد. مولکول¬های کوچک معمولاً با اتصال به dna باعث اختلال در فرایندهای مهم سلولی، مهار رشد و تقسیم در سلول سرطانی و در نتیجه آپوپتوز می¬شوند. از این¬رو مطالعه برهم¬کنش مولکول¬ها با dna برای درک بهتر سازوکار عمل آن¬ها و طراحی ترکیبات دارویی جدیدتر و موثرتر حائز اهمیت می¬باشد. در این پروژه برهم‏کنش سه آمید غیر اشباع سنتزی با استخلاف¬های متیل، o-¬متیل و نیترو با dna تیموس گوساله (ct-dna) در بافر tris-hcl با 4/7 ph=و تأثیر این استخلاف¬ها بر قدرت اتصال، توسط روش¬های طیف¬سنجی جذبی uv-vis، طیف¬سنجی نشری فلورسانس، طیف¬سنجی تبدیل فوریه فروسرخ، غیر طبیعی شدن حرارتی، ویسکومتری، ژل الکتروفورز و داکینگ مولکولی بررسی شد. در روش طیف¬سنجی جذبی uv-vis هیپوکرومیسم ایجاد شده در طیف جذبی ترکیبات طی افزودن ct-dna دلیلی بر رویداد برهم¬کنش بین ترکیبات و dna بوده میان¬جاگیری ترکیبات در بین جفت¬بازها اغلب با کاهش در جذب همراه است. همچنین با توجه به مقادیر ثابت اتصال حاصل از این روش و تشابه آن¬ها با ثابت¬های اتصال ترکیبات میان¬جاگیر گزارش شده، پیش¬بینی می¬شود این ترکیبات بین جفت¬بازهای dna قرار گرفته و با آن برهم¬کنش می¬دهند. در روش فلورسانس رقابتی با متیلن¬بلو به عنوان یک پروب میان¬جاگیر، با افزودن ترکیبات به کمپلکسdna - متیلن¬بلو طیف نشری کمپلکس افزایش می¬یابد. بنابراین ترکیبات با مدل اتصال مشابه با متیلن¬بلو با dna برهم¬کنش داده و با آزاد سازی متیلن¬بلوی متصل شده، در بین جفت¬بازهای dna قرار می¬گیرند. در مطالعات غیر طبیعی شدن حرارتی، ترکیبات با میان¬جاگیری بین جفت¬بازها باعث افزایش دمای ذوب و پایداری ساختاری dna می¬شوند. در روش طیف‏سنجی تصحیح فوریه تغییرات ایجاد شده در باند های ارتعاشی cm-11088 و cm-11222 که به ترتیب مربوط به ارتعاشات کششی متقارن و نامتقارن گروه فسفات بدنه dna می¬باشند، ناشی از وجود برهم¬کنش بین ترکیبات و گروه فسفات بدنه dna است. در روش ویسکومتری، با افزودن ترکیبات به محلول dna، ویسکوزیته آن کاهش می¬یابد. این کاهش در ویسکوزیته ناشی از اتصال ترکیبات به صورت میان¬جاگیر جزئی و ایجاد خمش در ساختار dnaاست. در روش ژل الکتروفورز با توجه به ضعیف بودن باند مربوط به فرم سوپرکویل، نمی‏توان در مورد خاصیت نوکلئاز شیمیایی ترکیبات مورد بررسی به طور قطعی اظهار نظر کرد. محاسبات داکینگ مولکولی نیز مدل اتصال میان¬جاگیر جزئی را برای ترکیبات پیش¬بینی می¬کند. همچنین بیش¬ترین انرژی اتصال برای ترکیب 1 بدست آمد. این نتایج در توافق با نتایج بدست آمده از روش¬های تجربی هستند.