قارچ ها به عنوان یکی از مهمترین عوامل بیماریزای گیاهی، منبع اصلی از متابولیت های ثانویه بیواکتیو هستند، و از اهمیت قابل توجهی در فعل و انفعالات زیست محیطی برخوردار می باشند از جمله متابولیت ها می توان آنتی بیوتیک ها، توکسین ها و آنزیم ها را نام برد. در این پژوهش شناسایی متابولیت های ثانویه تولید شده در 21 گونه قارچی با کمک gc – ms انجام گردید. نتایج حاصل از بررسی قابلیت ضد باکتریایی، ضد قارچی، ضد ویروسی و فیتوتوکسیکی ترکیبات حاصل از آنالیز gc-ms را نشان داد. با بررسی کروماتوگرام های حاصل، مایکوتوکسین های مهم oxalic acid، gibberellic acid،propionic acid ، butyric acid، pyridine، quinoline، purine، quinone و furan شناسایی شدند. همچنین آنتی بیوتیک های مهم gamma-lactone با ویژگی های فیتوتوکسیکی و ضد میکروبی در alternaria alternata، bipolaris spicifera، fusarium solani، fusarium sporotrichoides، phomopsis malvacearum و phomopsis perseae و tropolone با فعالیت گسترده ی ضد قارچی در bipolaris spicifera، fusarium sporotrichoides و phomopsis perseae نیز شناسایی شدند. علاوه بر آن coumarin-6-ol، indol acetic acid، pyrazine، phenol، s-trazine، formamidine، butylated hydroxy toluene (bht)، phthalic acid، laevigatin، anthracene، carvone و farnesol از جمله ترکیبات مهم تولید شده در اکثر گونه های مورد بررسی بودند.