گیاه ارزن یکی از قدیمی ترین غلات کشت شده در جهان است که به دلایل فصل کوتاه رشد و نیاز آبی کم در بین غلات از اهمیت بالایی برخوردار است. عوامل قارچی بسیاری باعث خسارت و کاهش میزان عملکرد این گیاه می شوندکه در این میان بیماری های برگی و غلاف ارزن دارای اهمیت هستند. این مطالعه به منظور شناسایی گونه های قارچی ایجاد کننده لکه برگی در گیاه ارزن های رایج در خراسان جنوبی طی سال های زراعی 1393-1392 انجام گرفت. در این تحقیق ازسه گونه ارزن رایج با نام های علمی ارزن دم روباهی setariaitalica،ارزن دانه ایpanicummiliaceum و ارزن مرواریدیpennisetumamericanumنمونه برداری صورت گرفت. نمونه های مشکوک به آلودگی روی محیط های کشت قارچی کشت داده و خالص سازی شدند. علاوه بر گونه های بیماری زا در روی میزبان ارزن، گونه های قارچی اندوفیت نیز جداسازی شد. جدایه های قارچی بر اساس مشخصات ریخت شناسی و مولکولی مبتنی بر تکثیر بخشی از ژن rdna با آغازگرهای its1, its4و its5و تکثیر بخشی از ژن بتاتوبولین با جفت آغازگرbt2a و bt2bشناسایی شدند. جنس هایfusarium، acremonium، alternaria، bipolaris، exserohilum، nigrosporaو penicilliumاز هر سه میزبان جداسازی و شناسائی شدند. آرایه هایalternaria، bipolaris، exserohilum، nigrosporaوpenicillium روی گیاه ارزن بیماری زا بودند.بیماری زایی گونه ی nigrosporaoryzaeروی ارزن مرواریدی برای دنیا جدید می باشد و بیماری زایی همین گونه روی میزبان های ارزن دم روباهی و ارزن دانه ای برای ایران جدید است. بیماری زایی گونه های exserohilum sp.روی ارزن دانه ای،alternariatenuissima و alternaria sp.روی ارزن دم روباهی نیز برای ایران جدید است.