گل محمدی و سیب بومی از محصولات مهم و اقتصادی تیره گل¬سرخیان در ایران می¬باشند. چندین ویروس می¬ توانند این دو محصول مهم را آلوده کنند؛ به رغم انجام پژوهش¬های پراکنده تا کنون مطالعه جامعی به منظور بررسی و شناسایی ویروس¬های این محصولات در ایران انجام نگرفته است. از اینرو هدف پژوهش حاضر بررسی پراکنش سه ویروس مهم آلوده کنند گل محمدی، شامل ویروس موزائیک سیب (apmv)، ویروس موزائیک آرابیس (armv) و لکه حلقوی بافت مرده هسته داران (pnrsv) و همچنین تعیین ترادف قسمت¬ هایی از توالی ژنوم جدایه های pnrsv می باشد. بعلاوه آلودگی به ویروس ساقه گودکی سیب(aspv) ، ویروس لکه سبزرد برگ سیب(aclsv) ، ویروس ساقه شیاری سیب(asgv) و ویروس موزائیک سیب در مناطق عمده تولید سیب بومی ایران بررسی شد. در مجموع 749 نمونه برگی طی دو سال زراعی 1391 و 1392 از گلستان ¬های واقع در استان های اصفهان، کرمان و مرکزی بصورت تصادفی جمع آوری شد. آلودگی این نمونه¬ ها به pnrsv، armv و apmv با استفاده از آزمون الیزا بررسی و نتایج نشان داد که در سال زراعی 1391، 41/4% از نمونه ها به armv، 20/2% از نمونه ها به apmvو 3/6% از نمونه ها به pnrsv و در سال زراعی 1392، 31/2% از نمونه ها به armv ، 32/5% از نمونه ها به apmv و 16/4% از نمونه ها به pnrsv آلوده بودند. آلودگی نمونه¬ها به pnrsv توسط آزمون pcr-rt تایید شد و توالی ژن رمزکننده پروتئین پوششی جدایه¬های ایرانیpnrsv تعیین و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی شد. چهار جدایه ی تعیین توالی شده در این پژوهش در سطح اسیدهای نوکلئیک و اسیدهای آمینه به ترتیب 4/99-100 و 6/98-100 درصد تشابه داشتند. تشابه در سطح نوکلئوتید در منطقه ژنی رمزکننده پروتئین پوششی در جدایه های ایران با سه تیپ گروه معرفی شده pv32 ، pv96 و pe5 به ترتیب 2/95، 8/98 و 1/88 درصد و در سطح اسیدآمینه به ترتیب 6/94، 6/98 و 7/89 درصد بود. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده با روش minimum evaluation در جدایه¬ های حاصل از تعیین توالی و جدایه¬ های ثبت شده در genbank نشان داد که جدایه¬ های ایران در گروه pv96-ii قرار می¬ گیرند. در مجموع نتایج این پژوهش نشان داد که pnrsv در بوته ¬های گل محمدی موجود در برخی گلستان ¬های واقع در شهرستان های قمصر، نیاسر، مشهد اردهال و نراق در مرکز کشور پراکنده شده و تنوع ژنتیکی نسبتاً کم در جدایه های pnrsv می تواند ناشی از نحوه انتقال ویروس باشد. بعلاوه 1053 نمونه برگی از درختان سیب طی دو سال زراعی 1391 و 1392 از نه استان بصورت تصادفی جمع آوری شد. آلودگی این نمونه¬ ها به aspv، aclsv، asgv و apmv با استفاده از الیزای مستقیم مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان دهنده آلودگی 54 (12/5%) نمونه سیب شفیع آبادی و گلاب بهaspv و 48 (8/4%) نمونه بهaclsv بود، که دلالت بر آلودگی مخلوط 48 نمونه سیب بومی تابستانه داشت. بیشترین شیوع aspv در استان البرز (8/13%) مشاهده شد و بعد از آن استان های تهران (4/11%)، مرکزی (2/7%)، همدان (1/7%)، لرستان (7%)، قزوین (5/6%) و مازندران (8/4%) قرار داشتند در اصفهان و آذربایجان غربی نمونه مثبت مشاهده نشد. درصد آلودگی بهaclsv در استان تهران (10%)، قزوین (6/4%)، مازندران (7/2%) و در سایر استان ها درصد آلودگی به ویروس مشابه aspv بود. این اولین گزارش از وقوع آلودگی aspv در ایران است. آلودگی نمونه¬ها به aspv و aclsv توسط آزمون pcr-rt تایید شد. توالی انتهای کربوکسیل پروتئین پوششی جدایه¬های ایرانیaspv تعیین و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی شد. مقایسه توالی¬ها نشان داد که 22 جدایه ایرانی aspv در هر دو سطح نوکلئوتید و آمینواسید (95-100?) با یکدیگر برابری قابل توجهی دارند و به دیگر جدایه¬های آسیایی aspv نزدیک هستند. درخت فیلوژنتیکی با روش نزدیکترین همسایه، neighbour-joining (nj) ترسیم شده بر اساس انتهای آمینی ژن پروتئین پوششی نشان داد که جدایه¬های ایرانی aspv به دو گروه بزرگ تقسیم شدند. این دسته¬بندی را با تفاوت در منشاء جغرافیایی جدایه¬ها نمی¬توان تفسیر کرد. برآورد نسبت dn/ds در انتهای کربوکسیل پروتئین پوششی aspv کمتر از یک بود (11/0) که موید فشار انتخاب منفی یا پالایشی بر روی این ناحیه است. همچنین در این تحقیق، توالی ناحیه هم¬پوشان ژن¬های رمزکننده پروتئین پوششی و پروتئین حرکتی جدایه¬های ایرانیaclsv تعیین وآنالیز فیلوژنتیکی انجام شد. مقایسه توالی¬ها نشان داد که 19 جدایه ایرانی aclsv در هر دو سطح نوکلئوتید و آمینواسید (80-99?) با یکدیگر تشابه قابل توجهی دارند. درخت فیلوژنتیکی رسم شده به روش نزدیکترین همسایه، (nj) نشان داد که جدایه های aclsv در چهارگروه عمده قرار می گیرند، گروه i نیز به دو زیر گروه تقسیم می شود. اکثریت جدایه های ایرانی در زیر گروه i به همراه جدایه صربستان، لتونی، هند، ترکیه و لیتوانی قرار گرفته اند. برآورد آماره های s d?tajimas و نسبت dn/ds نشان داد که نسبت dn/ds در پروتئین پوششی aspv بزرگتر از یک بود (79/1) و نتایج آزمون tajimas d منفی برآورد گردید (199/0-) این نتایج نشان می¬دهد که ژن پروتئین پوششی aclsv در اکثر کدون¬ها تحت فشار منفی است. نتایج این تحقیق نشان داد که aspv و aclsv در برخی باغ ¬های واقع در استان¬ های تهران، البرز، همدان، مرکزی، مازندران و لرستان در مرکز و شمال کشور پراکنده شده ¬است و از طرفی تنوع ژنتیکی نسبتاً کم در جدایه های این دو می تواند ناشی از گسترش سریع و وسیع آنها از طریق مواد تکثیری آلوده در ارقام حساس یک منطقه باشد.