امام خمینی(ره) اولین فقیهی است که نظامی جدید بر پایه نظریه سیاسی خود بنیان نهاد و حکومت اسلامی مبتنی بر ولایت فقیه را جایگزین نظام سلطنتی نمود. محقق کرکی نیز یکی از علمای برجسته شیعی در دوره صفویه است که در تبیین و ارائه نظریه ولایت فقیه سهم مهمی دارد. این پژوهش در پی بررسی وجوه اشتراک و اختلاف دیدگاههای این دو فقیه مبرز شیعه درباره نظریه ولایت فقیه و اختیارات ولی فقیه است. با این که امام خمینی(ره) و محقق کرکی هر دو به ولایت فقیه معتقد بوده اند، لیکن در نحوه اعمال اختیارات ولایت فقیه در حاکمیت، دارای تفاوت دیدگاه می باشند.در این پایان نامه با استفاده از روش توصیفی- تحلیلی، نتایج ذیل، به دست آمده است: امام خمینی و محقق کرکی در خصوص نظریه ولایت فقیه، اعتقاد به نیابت عام ولی فقیه در عصر غیبت امام معصوم (ع) با مشروعیت الهی دارند و هر یک به نوعی، این نظریه را جامه عمل پوشاندند. از سوی دیگر تفاوت عمده رویکرد آنان، در گستره اختیارات ولی فقیه می باشد. محقق کرکی، حکومت مشروع را فقط در حکومت ائمه معصومین (ع) و یا نایبان عام آنها (فقها) خلاصه کرده و حکومت صفویان را نامشروع تلقی می کند. وی با اینکه مناصبی چون قضاوت، امر به معروف و نهی از منکر، دریافت و تقسیم خمس، زکات و خراج، افتا، اقامه نمازجمعه و غیره را از اختیارات فقیه می داند، به ولایت مطلقه فقیه معتقد نیست علی رغم اینکه بر نصب عام فقیه از جانب امام معصوم (ع)، تأکید می کند. ولی امام خمینی (ره) اختیارات ولی فقیه را مطلقه می داند و تمام اختیارات امام معصوم (ع) را برای فقیه نیز اثبات می کند مگر اختیاری که مربوط به عصمت باشد.