در این تحقیق به منظور مطالعه ی سیر تکوین اولیه ی سیستم اسکلتی بخش سر ماهی از روش رنگ آمیزی آلسیان بلو و آلیزارین رد استفاده شده است. رنگ "آلسیان بلو" با اتصال به ترکیبات پروتئوگلیکانی ماتریکس خارج سلولی کندروسیتها، موجب رنگ شدن بافت غضروفی به رنگ آبی می گردد. رنگ "آلیزارین رد" نیز به کلسیم های آزاد و کلسیم های خاص موجود در بافت استخوانی متصل می گردد و باعث تغییر رنگ آن به رنگ قرمز- بنفش می شود. این تکنیک به عنوان روشی مناسب برای مطالعه ی سیر تکوین اسکلت گونه های مختلف ماهی به منظور تشخیص تغییر شکل و ناهنجاری اسکلتی در لارو و همچنین درک اثرات متفاوت محیطی و تغذیه ای بر استخوان سازی مورد استفاده قرار می گیرد. در این بررسی تعداد 530 نمونه ماهی قزل آلا در سنین مختلف بعد از بیرون آمدن از تخم تا سی روزگی مورد مطالعه قرار گرفت. به این منظور پس از ثبت فاکتورهای ظاهری رنگ آمیزی آن ها اساساً بر پایه ی پروتکل های گزارش شده انجام گرفت. و سپس به منظور بهینه کردن شرایط رنگ آمیزی با تغییر زمان و درصد مواد محلول مورد استفاده، روش مناسب برای این گونه ی ماهی نتیجه گیری شد و تصاویر مربوط به نمونه ها مورد بررسی و مقایسه قرار گرفت. پس از آشکارسازی غضروف و استخوان به مطالعه ریخت شناسی و ریخت سنجی آن در جهت شناخت سیر تکوین ساختار اسکلتی ماهی در طول دوره ی رشد پرداخته شد. بدین منظور تعداد 45 استخوان در تمام نمونه های رنگ شده از روز اول تا سی ام مورد بررسی قرار گرفت. مشاهدات کیفی پس از تبدیل به داده های کمی توسط نرم افزار متلب، مورد بررسی قرار گرفت و نمودار نشان دهنده ی سیر تکوینی برای هر استخوان ترسیم گردید. با استفاده از این نتایج؛ منشا، زمان ظهور و تداوم حضور غضروف و استخوان ها مشخص گردید. بطور کلی، با استفاده از این روش می توان به مطالعه تکوین سیستم اسکلتی در گونه های مختلف ماهی، درک بهتر تاکسونومی آن ها و مشخص کردن بهتر اثر عوامل مختلف محیطی و تغذیه در وضعیت استخوان سازی پرداخت.