بررسی ژنتیکی فلور میکروبی خمیرترش سبب شناخت اکولوژیکی و خصوصیات کارکردی می گردد و رقابت، تطابق، متابولیسم و پاسخ تنشی میکروارگانیسم ها را تحت تاثیر قرار می دهد. یکی از روش های سنتی در شناسایی فلور میکروبی، آزمون های بیوشیمیایی وتست تخمیر قند می باشد. روش های مستقل از کشت، همچون واکنش زنجیره ای پلیمراز نیز به منظور تعیین تنوّع میکروارگانیسم ها در اکوسیستم های طبیعی و نمایه نمودن آنها جهت بررسی سیر تکامل جمعیت های میکروبی، توسعه یافته اند. با این هدف، شناسایی مولکولی لاکتوباسیل جدا شده از نمونه خمیر ترش محلی تربت جام، خواف، قوچان، مشهد و دو نمونه صنعتی آلمان و بنگلادش با استفاده از روش کشت و روش مولکولی انجام شد. بدین منظور خمیر ترش براساس خصوصیات ارگانولپتیکی (عطر و طعم) جمع آوری گردید و جدایه های میکروبی بر روی محیط کشت های mrs و m17 از آن تکثیر شد. آزمون تخمیر قندها برای شناسایی زیرگونه هر جدایه انجام شد. پس از استخراج dna از خمیر ترش، واکنش زنجیره ای پلی مراز به منظور شناسایی هر گونه و زیرگونه صورت گرفت. نتایج نشان داد که محیط کشت mrs محیط بسیار مناسب تری جهت رشد لاکتوباسیل ها می باشد. آنالیز نتایج آزمون قندها سه زیر گونه لاکتوباسیلوس فرمنتوم، لاکتوباسیلوس پلانتورم و لاکتوباسیلوس سانفرانسیس را مشخص کرد. همچنین نتایج واکنش زنجیره ای پلی مراز با تکثیر قطعه253، 333 و 156 جفت بازی از ژن 16s rna ریبوزومی توسط آغازگرهای اختصاصی آزمون بیوشیمیایی را تایید نمود. نتایج این تحقیق نشان که واکنش زنجیره ای پلیمراز می تواند به خوبی جایگزین آزمون های بیوشیمیایی در شناسایی زیر سویه های موجود در فلور میکروبی خمیر ترش شود.

هر چند تولید زرشک بی دانه تنها به ایران محدود شده است ولی انواع دانه دار آن در بسیاری از نقاط دنیا به صورت خودرو پراکنده است. به دلیل وجود هیبریداسیون فراوان و پلی پلوئیدیی در این گونه شناسایی مرزها و حدود گونه ها بسیار دشوار است. یکی از راه های تعیین مرزهای بین گونه ای در یک جنس بررسی سیتوژنتیکی و کاریوتایپی از قبیل شمارش تعداد کروموزوم ها و مشاهده تشابهات کروموزومی و تهیه کاریوتایپ می باشد. در این تحقیق، مطالعات کاریوتایپی با استفاده از مریستم های نوک ریشه در 8 اکوتیپ زرشک بومی مناطق مختلف خراسان جنوبی، شمالی و رضوی با استفاده از روش اسکواش انجام شد. در این تحقیق اندازه گیری طول کروموزومها با استفاده از نرم افزار karyotype analysis نسخه 5/1 انجام شد و سایر شاخص ها کاریوتایپی (a2, rec, cvcl, drl, s% و rl) با استفاده از نرم افزار اکسل محاسبه گردید. مقایسه میانگین بین طول کروموزوم های اکوتیپ ها در قالب طرح کاملا تصادفی نامتعادل و با استفاده از نرم افزار jmp انجام شد که اختلاف معنی داری را در سطح 1درصد بین اکوتیپ ها نشان داد. نتایج نشان داد که عدد پایه کروموزومی در تمام اکوتیپ ها برابر با 2n=4x=56 می باشد و بلندترین طول کروموزومی در اکوتیپ قره سو و کوتاه ترین طول کروموزومی در اکوتیپ چلپو می باشد. همچنین بررسی ها نشان داد که اکوتیپ قره سو نا متقارن ترین اکوتیپ و اکوتیپ چلپو متقارن ترین اکوتیپ از لحاظ کاریوتایپی می باشد و این خود نشان دهنده این است که اکوتیپ قره سو متکامل ترین اکوتیپ و اکوتیپ چلپو ابتدائی ترین اکوتیپ است. در مجموع نتایج نشان دهنده وجود تنوع در اکوتیپ های زرشک استان های خراسان می باشد، همچنین گونه b. integerrima گونه غالب در استان های خراسان است.

ترکیبات تولید شده توسط میکروارگانیسم ها در ارائه فرصت هایی برای نوآوری در کشف دارو و پیشرفت، سابقه ای طولانی دارند. میکروارگانیسم های اندوفیت توجه زیادی را به عنوان منابعی از داروهای جدید، به خود معطوف کرده اند. در این تحقیق، نمونه هایی از taxus baccata (سرخدار بومی ایران) از جنگل های دره-زرین در علی آباد کتول جمع آوری شد. dna ژنومی نمونه ها استخراج گردید و حضور ژن های کدکننده ی 10- داستیل باکاتین استیل ترانسفراز (dbat) و فنیل پروپانوئید استیل ترانسفراز (bapt)، دو ژن کلیدی در مسیر بیوسنتز تاکسول، با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) بررسی شد. سپس ایزوله ها برای فعالیت ضد میکروبی شان غربالگری و ارزیابی شدند. فعالیت ضد میکروبی عصاره خام اتیل استاتی ایزوله ها با روش نشت دیسک-آگار در برابر 12 میکروارگانیسم مورد بررسی قرار گرفت. شصت و سه ایزوله اندوفیت قارچی از سرخدار بومی ایران جداسازی شد. حضور ژن dbat در 23 ایزوله اندوفیت قارچی مشاهده شد. تمام عصاره های قارچ های اندوفیت روی حداقل 7 میکروارگانیسم فعالیت ضد میکروبی نشان دادند. در طی این آزمایش میانگین محدوده بازدارندگی از 2 تا 25 میلی متر تغییر کرد. حداکثر میزان محدوده بازدارندگی 25 میلی متر در برابر قارچ پاتوژن alternaria alternata بود. از طرفی حداکثر میزان محدوده بازدارندگی در بین باکتری ها مربوط به باکتری پاتوژن انسانی bacillus subtilis بود که به میزان 1/10 میلی متر رسید. مقایسه میانگین محدوده بازدارندگی عصاره های به دست آمده با اتیل استات و اثرشان بر روی رشد گروه های متفاوت از میکروارگانیسم ها نشان داد که عصاره های pezicula sp.5، cryptosporiopsis sp.2و cryptosporiopsis sp.4 موثرتر بودند و فعالیت با طیف وسیعی را، روی گروه های متفاوت از میکروارگانیسم ها (قارچ ها، باکتری های گرم مثبت و گرم منفی)، از خود به نمایش گذاشتند.