فیلسوفان پیش از ملاصدرا مانند حکمای مشاء غالباً به وحدت تشکیکی وجود اعتقادی نداشتند؛ لذا در حل بسیاری از مسائل فلسفی از جمله حوزه علم النفس ناتوان بودند، اما ملاصدرا با ارائه¬ی اصول و قواعدی مانند وحدت تشکیکی وجود، به بسیاری از مسائل و معضلات فلسفی از جمله در نفس شناسی پاسخ داده است. از دیدگاه ملاصدرا نفس محصول حرکت جوهری بدن است که در تحولات جوهری خود به تدریج با اشتداد وجودی مداوم به مقام عقل مستفاد نایل می¬آید و با عقل فعال متحد می¬گردد. در این سیر، نفس حقیقت واحد و ذو مراتب است، و مابه¬الاشتراک عین مابه¬الامتیاز می¬باشد. او هر گونه دو گانگی میان نفس و بدن را نفی می¬کند و معتقد است که این دو با هم ترکیب اتحادی دارند و موجود به وجود واحدند، که بدن مرتبه نازل این وجود واحد و نفس مرتبه عالی و کامل آن است؛ لذا تفاوت این دو در مرتبه وجودی می¬باشد. وی دربار¬ه¬ی نسبت نفس با قوایش قائل است که نفس در عین بساطت، کل قواست. درباره¬ی وحدت یا کثرت نوعی نفوس معتقد است که نفس در عالم طبیعت خالی از هر نوع کمالی است و صرفاً استعداد تصور کمالات را دارد اما با حرکت جوهری در نشأت مثالی و عقلی و فعلیت یافتن استعدادها، انسان¬ها به حسب کسب کمالات یا سیئات متخالف¬الحقیقه می¬گردند. درباره¬ی فروعات حوزه نفس مانند اتحاد عاقل و معقول می¬گوید علم و ادراک دارای مراتب حسی، خیالی، عقلی است و چون نفس نیز کل¬القواست دارای سه مرتبه حسی، خیالی و عقلی می¬باشد؛ لذا هنگام علم وادراک متناظر با هر مرتبه از مراتب نفس، مرتبه خاصی از علم و ادراک متحد می¬شود. در استناد فعل واحد به خداوند و انسان نیز معتقد است که براساس وحدت تشکیکی وجود هر فعل اختیاری دارای مراتب است که حقیقه و اشرف آن از خداوند، و رقیقه و نازل آن از انسان صادر می¬شود. در اثبات ضرورت معاد می¬گوید کل عالم طبیعت با حرکت جوهری روی به سوی غایتی دارد که در آن به ثبات برسد و این غایت، قیامت کبراست. در تبیین معاد جسمانی نیز به اثبات می¬رساند که بدن اخروی، عین بدن دنیوی است که این بدن، آفریده خود نفس در اوج تجرد با نیروی خیال می¬باشد. وی همچنین با وحدت تشکیکی وجود، به ابطال و پاسخ¬گویی به برخی معارف و شبهات حوزه¬ی معادمانند اصل تناسخ، شبهه تناسخ، شبهه بهشت وجهنم می¬پردازد.