سیاه دانه (nigella sativa l) از خانواده آلاله (ranunculaceae) یکی از گیاهان دارویی ارزشمند است که در برخی مناطق ایران کشت می¬شود. این پژوهش به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ-های سیاه دانه با استفاده از نشانگرهای مولکولی issr و scot انجام شد. جمعیتی شامل 80 ژنوتیپ سیاه دانه از نقاط مختلف کشور انتخاب گردید و توسط 17 آغازگر issr و 9 آغازگر scot مورد ارزیابی قرار گرفت. آغازگرهای issr در مجموع 79 قطعه dna تکثیر نمودند که 61 قطعه آنها (77/42%) چندشکل بودند. آغازگرهای scot نیز از مجموع 73 قطعه تکثیر شده، 54 قطعه (72/66%) چندشکلی نشان دادند. میانگین اطلاعات چندشکل (pic) برای آغازگرهای issr و scot به ترتیب 0/148 و 0/177 به دست آمد. ضریب تمایز ژنتیکی در میان جمعیت¬ها (gst) به مقدار 0/40و برآورد جریان ژنی (nm)، به طور متوسط تعداد مهاجرت رد و بدل شده در هر نسل در میان جمعیت¬ها برابر 0/76 محاسبه شد. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که تنوع ژنتیکی به طور عمده در درون جمعیت¬های مورد بررسی (81 درصد) بیشتر از بین جمعیت¬ها (19 درصد) بود. ماتریس تشابه با استفاده از ضریب دایس، تجزیه خوشه¬ای با الگوریتم پیوستگی کامل (complete linkage) و تجزیه به مختصات اصلی انجام شد. بر اساس نتایج حاصل از نمودار خوشه¬ای، ژنوتیپ¬های مورد مطالعه به 6 گروه مجزا در سطح تشابه 0/82 تقسیم شدند. نتایج حاصل از ماتریس تشابه به ترتیب بیشترین و کمترین تشابه را بین نمونه¬های قوچان 3 و قوچان 4 با مقدار 0/96 و نمونه¬های کرمانشاه 4 و رابر 5 با مقدار 0/75 نشان داد. نتایج این پژوهش نشان داد که نشانگرهای issr و scotبه طور موثری می¬توانند برای مطالعه تنوع ژنتیکی توده¬های سیاه دانه استفاده شوند.