جوانه زنی پیش از برداشت یکی از عوامل کاهش عملکرد و کیفیت محصول برنج در شرایط آب و هوایی مرطوب و دارای بارندگی در زمان برداشت می باشد به منظور بررسی این صفت 36 ژنوتیپ بومی ایرانی، اصلاح شده و خارجی در بهارسال1392 ازنظر صفت جوانه زنی پیش از برداشتو سایر صفات دانهمورد ارزیابی مورفولوژیکی و مولکولی قرار گرفتند. نتایج حاصل از تجزیه واریانس ساده صفات نشان داد که کلیه ژنوتیپ های مورد بررسی از نظر تمامی خصوصیات مورفولوژیک و بیوشیمیایی دانه برنج دارای اختلاف بسیار معنی داری بودند. مقایسه میانگین ها نشان داد، ژنوتیپ بومی دم سفید کمترین و رقم اصلاح شده درفک بیشترین میزان جوانه زنی پیش از برداشت را به خود اختصاص دادند (به ترتیب 6/1 و 3/56 درصد). طبق نتایج تجزیه واریانس فنوتیپی و ژنوتیپی، صفات محتوای پروتئین دانه و ارتفاع بوته بیشترین واریانس فنوتیپی و ژنوتیپی را به خود اختصاص دادند. همچنین نتایج ضرایب همبستگی فنوتیپی و ژنوتیپی نشان داد کهدرصد جوانه زنی پیش از برداشت با فراوانی دانه جوانه زده در طول خوشه و میزان فعالیت آلفاآمیلاز همبستگی ژنوتیپی و فنوتیپی مثبت و معنی دار و همبستگی ژنوتیپی منفی و معنی داری با ضخامت پالئا دارد.طبق نتایج تجزیه مولکولی، picنشانگرها بین 05/0 تا 81/0، شاخص شانون بین 13/0 تا 76/1 و ضریب نی 05/0 تا 82/0 متغیر بود.در مقایسه کلی نشانگرهای rm481 وپس از آن rm164 و rm220 بیشترین تنوع و نشانگر rm282 کمترین تنوع را به خود اختصاص دادند.تجزیه گام به گام، صفت جوانه زنی پیش از برداشت به عنوان متغیر وابسته و سایر صفات به عنوان متغیر مستقل نشان داد که 4/78 درصد تغییرات این صفت توسط میزان فعالیت آنزیم آلفا آمیلاز (7/74درصد) و درصد باروری (7/3درصد) توجیه شد.گروه بندی ژنوتیپ هابر اساس داده های مولکولی با روشupgma ژنوتیپ ها را به سه گروه تقسیم بندی کرد که در گروه اول، دو ژنوتیپ، گروه دوم 23 ژنوتیپ و گروه سوم 11 ژنوتیپ قرار گرفتند.بطور کلی می توان بیان داشت علاوه بر صفت خواب بذر، میزان فعالیت آلفا آمیلاز یک صفت مهم مرتبط با جوانه زنی پیش از برداشت می باشد. نتایج این آزمایش نشان داد که در برنامه های اصلاحی، ارقام بومی بهترین گزینه به منظور انتقال افزایش مقاومت به جوانه زنی پیش از برداشت برنج می باشند.