ابزارهای مولکولی روشهای بسیار دقیق برای تنوع زیستی هستند. روش issr (inter-simple sequence repeats amplification ) روشی نسبتاً نوین برای بررسی گونه های نزدیک به هم می باشند. در ایران، جنس eremias پراکندگی وسیعی در زیستگاه ها متنوع از دشتی، ماسه ای و نیمه صحرایی دارند. همچنین این جنس تنوع گونه ای زیادی دارد بطوریکه تنها در ایران 16 گونه از آن معرفی شده است. به منظور بررسی روابط خویشاوندی بین گونه ای، چند گونه از این جنس را انتخاب کرده و مورد مطالعه مولکولی قرار دادیم، نمونه هایی از e. persica، e.velox، e. intermedia، e.nigrocellata، e. montanus و e. fasciata و یک نمونه از جنس mesalina به عنوان برون گروه انتخاب شدند. موتیف های ssr (simple sequence repeats amplification) با استفاده از پرایمر (gaca)4 تکثیر شد. الکتروفورز محصولات روی ژل پلی اکریل آمید انجام شد و با نیترات نقره رنگ آمیزی شد و در نهایت ماتریس عددی صفر و یک 51 نمونه مورد مطالعه برای 33 جایگاه ایجاد شد. برای بررسی میزان دوری و نزدیکی نمونه های مطالعه نسبت به هم، درخت فیلوژنتیکی تحت معیار نزدیکی همسایگان (neighbor joining) ساخته شد. در این مطالعه نمونه متعلق به mesalina، کاملاً در موقعیتی خارجی نسبت به بقیه نمونه های مورد مطالعه قرار گرفت. بر اساس نتایج این تحقیق، روش issr با دقت بسیار نه تنها قادر به تفکیک گونه های نزدیک به بوده بلکه به خوبی جمعیت های مختلف یک گونه را نیز از هم جدا می کند و حتی الگوی جغرافیایی قابل تفسیری را نیز ارائه می دهد.