انتخاب والدین مناسب به منظور تهیه هیبرید های برنج با عمکرد دانه و کیفیت پخت بالا اهمیت زیادی دارد. در این مطالعه از 24 نشانگر ریز ماهواره در 50 ژنوتیپ برنج بومی، اصلاح شده و خارجی برای گروه بندی ارقام برنج استفاده شد. همچنین 11 صفت مرتبط به عملکرد دانه و 3 صفت مرتبط با کیفیت پخت مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که تمامی صفات مورد مطالعه شامل تعداد روز تا 50% گلدهی، تعداد پنجه بارور، ارتفاع بوته، طول خوشه، طول و عرض برگ پرچم، وزن هزار دانه، تعداد دانه پر و پوک در خوشه، درصد باروری خوشه، میزان آمیلوز، قوام ژل و دمای ژلاتینه شدن دارای اختلاف معنی داری در سطح احتمال یک درصد بودند. نتایج تجزیه رگرسیون بین عملکرد و سایر صفات مورد بررسی نشان داد که تعداد پنجه بارور، تعداد دانه پر در خوشه و ارتفاع بوته به ترتیب بیشترین میزان تغییرات عملکرد را توجیه کردند. تجزیه خوشه ای به روش وارد، ژنوتیپ های مورد مطالعه را به 3 گروه تقسیم کرد. گروه اول شامل 20 رقم بومی، 3 رقم خارجی و 1 رقم اصلاح شده. گروه دوم شامل 3 رقم خارجی و 2 رقم اصلاح شده و گروه سوم شامل11 رقم اصلاح شده، 5 رقم خارجی و 5 رقم بومی بود. گروه اول و سوم بیشترین فاصله را از هم داشتند. بر اساس اطلاعات حاصل از24 نشانگر مورد بررسی مشاهده گردید که در مجموع 117 آلل چند شکل با میانگین 875/4 آلل به ازای هر جفت آغازگر تکثیر شد. کمترین تعداد مربوط به نشانگر های rm5654 و rm26 با 2 آلل و بیشترین آن به ترتیب مربوط به نشانگر های rm228 و rm229 با 9 و 8 آلل بود. میانگین تعداد آلل موثر 248/3 بود که rm26 وrm5654 به ترتیب با داشتن مقادیر 04/1 و 083/1 کمترین و نشانگر های rm210 و rm229 با داشتن مقادیر 538/5 و 347/5 بیشترین مقادیر را دارا بودند. میزان تنوع ژنی و محتوای اطلاعات چند شکل نشان داد که نشانگر های rm210 و rm229 بالاترین و نشانگر های rm5654 و rm26 کمترین میزان را داشتند. دسته بندی ژنوتیپ ها با استفاده ازتجزیه خوشه ای با ضریب تشابه جاکارد و روش upgma ژنوتیپ ها را در 7 گروه تقسیم بندی کرد. محاسبه ضریب مانتل نشان داد که میزان ارتباط بین ماتریس های تشابه حاصل از صفات کمی و داده های مولکولی برابر با 025/0 می باشد. تلاقی بین ژنوتیپ های صدری × ir36، صدری × norin 22، آبجی بوجی × ir36، آمل 3 ir36 ×، دم سیاه × ir36، سپید رود × آمل 3، آمل 3 × دم سیاه، خزر × norin 22، دم سیاه × norin 22 و صالح × دم سیاه را برای حصول هیبرد هایی با عملکرد دانه وکیفیت پخت بالا را می توان مناسب دانست.