امروزه مسئله هم تراز سازی دنباله ها نقش به خصوصی را در علم بیوانفورماتیک بر عهده دارد. برای حل مسئله هم تراز سازی دنباله ها، روش های مختلفی ارائه شده که در ? دسته کلی قرار می گیرند. روش برنامه نویسی پویا، روش مدل مخفی مارکوف و روش های مبتنی بر راه حل های اکتشافی ازجمله این ها می باشند. با توجه به اهمیت روزافزون مسئله هم تراز سازی دنباله ها در بیوانفورماتیک و محاسبات فراوان در حل مسائل مربوط و نیز با در نظر گرفتن ساختار حل مسئله که دارای تعداد بسیاری مقایسه است، به نظر می رسد حل این مسئله نیز با استفاده از بلوم فیلتر راهگشای مناسبی باشد. در این پایان نامه، هدف طراحی و پیاده سازی الگوریتمی برای هم تراز سازی سریع دنباله ها است که به منظور کاهش میزان مصرف حافظه و زمان اجرا از ساختار داده بلوم فیلتر استفاده شده است. ازاین رو از نوع خاصی از بلوم فیلتر با عنوان بلوم فیلتر ماتریسی و مقیاس پذیر استفاده شده است. استفاده از ساختار داده بلوم فیلتر مصرف حافظه الگوریتم را کاهش می دهد؛ همچنین برای کاهش میزان حافظه مصرف شده، تصمیم گرفته شد بلوم فیلترهای تولید شده برای هر دنباله، در هم ادغام شوند. جهت کاهش زمان اجرا نیز، توابع درهم سازی سفارشی شده به کاربرده شده است.