دست یابی به مُفاد استعمالی آیه ها و کشف مراد الهی آن ها ، نیازمند رعایت کردن قواعد و ضوابطی است که بر هر مفسر لازم است قبل از پرداختن به تفسیر، آن ها را در نظر بگیرد و بر اساس آن ها به تفسیر بپردازد تا کمترین خطا و انحراف را در تفسیر داشته باشد . تفسیر الفرقان آیت الله صادقی تهرانی از آن دسته تفاسیر می باشد که مفسر در تفسیر آیات قرآن به قواعد تفسیری توجه داشته است . اما در پاره ای از مواقع به یک قاعده توجه بیشتری داشته و در مواقعی هم به قاعده ای کمتر اشاره کرده است . علامه صادقی از میان قرائات تنها قرائت متواتر ( حفص از عاصم ) را به جهت مطابق بودن آن با قرائت متواتر و رایج بودن آن در میان مسلمانان در تمام زمان ها قابل قبول می داند و از پرداختن به دیگر قرائت ها خودداری کرده است . ایشان در واژه شناسی معانی واژه ها را به کتاب های لغت و لغویون کمتر استناد می کند و به ندرت به منابع لغوی ارجاع می دهد و در معنای واژگان دقت زیادی نموده و در مفهوم واژگان توسعه ی معنایی در نظر می گیرد . هم چنین کم و بیش از مباحث نحوی و ادبی نیز بهره گرفته است . آیت الله صادقی در تفسیرش از آیات و روایات زیادی استفاده کرده است . مفسر، تفسیر قرآن به قرآن را راهی برای دست یابی به معانی و مفاهیم قرآنی در چارچوب دلالت مطابقی آیه می داند و از روایات به عنوان وسیله و ابزار، جهت ارائه ی نمونه ها و معانی پنهان آیات و بیان مصادیق استفاده می کند. این روایات تفسیری در صدد نشان دادن نمونه ها و معانی پنهان آیات است . از نگاه ایشان ، روایات تفسیری به معانی ژرف تر کلام وحی نظر دارد . وی از سیاق به ندرت بهره برده است و به روایات شأن نزول نیز کمتر اعتماد دارد . هم چنین ایشان از دیگر قرائن نیز بهره برده است . ایشان تلاش نموده تا در تفسیرش از مستندات قطعی یا اطمینان آور استفاده نماید . لذا به قاعده ی علم و علمی توجه داشته است . وی با این که به نام مصطلح دلالت ها تصریحی ندارد ، اما عملا از انواع دلالت ها در تفسیر خویش استفاده کرده است . ایشان قرآن را دارای باطن و دسترسی به باطن آن را با تدبرممکن می داند، اما تأویل قرآن را مختص معصومان می داند .