یافتن ژن ها در میان توالی های ژنومی و تحلیل و مقایسه ی آن ها جهت پیش بینی ساختار پروتئین یکی از مهمترین مباحث علم بیوانفورماتیک است. در این پایان نامه به تحلیل و مقایسه ی توالی های ژنومی و تشابه آمینواسیدها پرداخته شده است. برای این منظور فضای پلی نوکلئوتید فازی و برخی از ویژگی های ان معرفی شده است و سپس توای های ژنومی جهت پیدا کردن درجه تشابه و تفاوتشان تحلیل و مقایسه شده اند. سپس با استفاده از متریک های ان تی وی و مینکوفسکی درجه تشابه آمینواسیدها پیدا شده است که برای تحلیل توالی های ژنومی مفید است. در نهایت با معرفی قطعه های فازی و نقاط میانی فازی، این تعازیف برای داده های واقعی به کار برده شده است.