بندر دیر در استان بوشهر که به عنوان بزرگ ترین بندر صیادی ایران شناخته می شود، پس از توسعه در سال 90 و احداث موج شکن جدید، دچار مشکل نفوذ موج و تلاطم حوضچه شد و مشکلات و حوادثی در این بندر به وجود آمد. علت بروز این پدیده تغییر دهانه ورودی بندر از غرب به جنوب شرقی و در پی آن نفوذ امواج و ایجاد تلاطم در حوضچه می باشد. در این تحقیق، بررسی نفوذ موج به بندر در پی تغییر پلان بندر با استفاده از مدل سازی عددی و با استفاده از ماژول bw نرم افزار mike 21 مورد بررسی قرار گرفت. بر پایه نتایج حاصل از این مدل سازی، در شرایط کلی امواج نفوذی به بندر که از جهات شرق تا جنوب می تابند، تهدیدی برای آرامش حوضچه بندر به شمار نمی روند و تنها در مواقع طوفانی که ممکن است امواجی به بزرگی 1/2 متر از جهت جنوب شرق تابیده شوند، آرامش حوضچه بندر به هم خورده و تلاطم بیش ازحد مجاز در بندر ایجاد می شود. ارتفاع امواج در شرایط حوضچه متلاطم به بیش از 40 سانتی متر می رسد و این شرایط خطری برای شناور های پهلوگرفته و در حال پهلوگیری محسوب می گردد. این مسئله در نواحی نزدیک به دهانه ورودی بندر اهمیت دوچندان پیدا می کند؛ چون ارتفاع امواج در این نواحی به بیش از 1/5 متر رسیده و احتمال بروز آسیب های شدید برای شناور های در حال تردد در این نواحی بسیار بالاست. با توجه به معیار های آرامش حوضچه و نظر به فراوانی بسیار ناچیز این امواج در سال، در حالت کلی میزان آرامش حوضچه این بندر در حد کافی و بیش از 97/5 درصد اوقات سال است. بااین حال برای شرایط طوفانی توصیه می شود با اطلاع-رسانی به موقع این شرایط از سوی مسئولین محلی، از تردد شناور ها در نواحی نزدیک به دهانه ورودی بندر، جلوگیری به عمل آید.