در این پایان نامه دو رشته پلی الکترولیت نیمه انعطاف پذیر و اتصالگرهایش با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مطالعه شده است. این اتصالگرها می توانند پروتئینهای اتصالگر، یونهای مخالف چند ظرفیتی یا پیوند هیدروژنی باشند. محاسبه برهمکنش موثر بین اتصالگرها نشان میدهد:1-افت و خیز گرمایی و آنتروپی نقش مهمی در برهمکنش موثر بین اتصالگرهادارد. فقط در دماهای خیلی پایین است که رقابت بین برهمکنشهای الکتروستاتیک و سختی خمشی رشته ها رفتار سیستم را تعیین می کند.2- قدرت دافعه بلندبرد بین اتصالگرها با افزایش دما بیشتر می شودو در دمای اتاق این برهم کنش دافعه برحسب فاصله یک تابع افزایشی است.در نتیجه ی این برهمکنش بین اتصالگرها به ازای چگالی های کم اتصالگرها در دمای اتاق پیکربندی هایی که در آن حلقه های بزرگ متوالی در طول رشته ها تشکیل شده باشد، پایدار نیستند و در حالت تعادل همه ی اتصالگرها به دو انتهای رشته ها رانده می شوند. بنابراین مکانیزم غالب پیشنهادی در فرایند اتصال پلی الکترولیت ها توسط اتصالگرها، شبیه بسته شدن یک زیپ است. همچنین حداقل چگالی لازم اتصالگرها برای متصل نگه داشتن پلی الکترولیتها با افزایش دما به شدت افزایش می یابد.