هر کشور سیستمی را تشکیل می دهد که شامل نهادهای مختلف فعال در آن، روابط این نهادها و محیط تأثیرگذار بر این روابط و نهادها است و برای برخورداری از عملکرد مناسب و با بهره وری مطلوب و امکان رقابت با سایر رقبا، باید در مسیر توسعه تکنولوژی و تقویت نوآوری حرکت کند. توانایی و قابلیت سرمایه گذاری و توفیق هر کشور در توسعه تکنولوژی، شدیداَ به این سیستم و ویژگی های آن بستگی دارد. بنابراین تفاوت عملکرد و توان رقابتی کشورها، ناشی از تفاوت ساختار و کارکرد این سیستم است. چنین سیستمی را «نظام ملی نوآوری» می نامند. از سوی دیگر، فرآیند تفکر با این نگرش ایجاد شد که در سازمان ها علاوه بر محدودیتهای فیزیکی، محدودیتهای مدیریتی و سیاسی و نیز محدودیتهایی که ناشی از بکارگیری الگوی ناصحیح و ناکارآمد است، وجود دارد و شناسایی و رفع آنها در کارایی و راندمان سیستم موثر است. تحقیق حاضر تلاش می کند تا از دیدگاه فرآیند تفکر تئوری محدودیت ها مشکلات و ضعف های اساسی نظام ملی نوآوری کشور را شناسایی کند و به زعم خود راهکارهایی را جهت مقابله و حذف این موانع ارائه دهد. جمع آوری اطلاعات در این تحقیق به وسیله روش تحلیل اسناد بوده است. در نتیجه ، به وسیله ابزار crt مشخص شد که عدم مشارکت بخش خصوصی در r&d عامل اصلی مشکلات در نظام ملی نوآوری کشور است. راهکارهای متفاوتی برای حذف این موجودیت ناخواسته ارائه شده اند و از طریق ابزار ec راهکارهایی جهت کاهش اثرات سوء تغییرات در نظام مطرح شده اند. به وسیله درخت frt آینده این نظام مشخص شده و برنامه اجرایی جهت زمان بندی اهداف از طریق ابزار prt ارائه شده است پیشنهاد می شود که با توجه به عدم استفاده از فرآیند تفکر ، این تئوری در دیگر نظام ها و سازمان های کشور اجرا و نتایج آن در اختیار دیگر محققین قرار گیرد.