نام پژوهشگر: سارا فرنوش فر

پیش بینی نقش عوامل رونویسی در تدوین نقشه نمو آرابیدوپسیس به کمک داده های میکرواری- با استفاده از رویکردهای بیوانفورماتیکی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده کشاورزی 1392
  سارا فرنوش فر   فروغ سنجریان

در پژوهش حاضر، نقش عوامل رونویسی به عنوان تنظیم کننده های الگوی بیان در 45 مرحله مختلف نموی گیاه آرابیدوپسیس به روش فازی مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور با بکارگیری نرم افزار geneexpress1.0 (بر مبنای الگوریتم fcm)، بررسی بیان ژن ها و خوشه بندی در دوفاز انجام شد. در فاز اول ژن های 52 خانواده عوامل رونویسی از نظر میزان بیان (از لحاظ مقدار) بررسی، و به خوشه های مجزا تقسیم بندی شدند. سپس برای هر خوشه نمودار الگوی بیان بدست آمد. بطور خلاصه، الگوی بیان تمامی 1624 ژن عامل رونویسی در مراحل نموی در قالب 10 خوشه دسته بندی شدند. بعلاوه، به جهت شناسایی برهمکنش های موجود در ژن-های هر خوشه از پایگاه اطلاعاتی دانشگاه تورنتو استفاده شد. مطابق با نتایج، ژن های دارای بالاترین میزان برهمکنش به عنوان ژن های موثر در تدوین نقشه نمو آرابیدوپسیس ارائه شدند.از نتایج این پژوهش می توان جهت پیش بینی هایی در خصوص تغییرات ژنی حاصل از جهش یا بیماری و یا دستکاری های ژنتیکی بهره گرفت.