نظام مالیات بر ارزش افزوده به عنوان نظام مالیاتی ای نوپا در ایران، با استناد به مطالعات پیشین و آمار و ارقام حاصله از عملکرد این نظام مالیاتی، با مشکلات و چالش های عدیده ای در بخش های مختلف مواجه است. حسابرسی و ممیزی مالیات بر ارزش افزوده به عنوان بخش مرتبط با رسیدگی به پرونده های مالیاتی مودیان و مهم ترین بخش در ارتباط با تحقق درآمد مالیاتی دولت در این نظام مالیاتی امروزه با چالش هایی دست و پنجه نرم می کند که آن را از هدف نهایی یعنی دستیابی به کل درآمد مالیاتی بالقوه بازمی دارند. بنابراین این پژوهش با هدف شناسایی، بررسی و رتبه بندی چالش های حسابرسی و ممیزی مالیات بر ارزش افزوده سعی در برداشتن گامی جهت از پیش-روی برداشتن این چالش ها و دستیابی به نظام مالیاتی ای کارآمد تر دارد. جامعه ی آماری این پژوهش را خبرگان و متخصصین بخش مالیات بر ارزش افزوده در سطح شهرستان یزد تشکیل می دهند. در این پژوهش از روش دلفی جهت تصمیم گیری گروهی استفاده شده است. این روش شامل سه مرحله پرسش نامه بوده است. پرسش نامه نخست جهت ایجاد طوفان مغزی و پرسش نامه های دوم و سوم به ترتیب با هدف شناسایی و رتبه بندی چالش های پیش روی حسابرسی و ممیزی مالیات بر ارزش افزوده میان پاسخ دهندگان توزیع شد. در تجزیه و تحلیل داده های حاصل از پرسش نامه ها، چالش های پیش روی حسابرسی و ممیزی مالیات بر ارزش افزوده با استفاده از آزمون دوجمله ای شناسایی و با استفاده از آزمون فریدمن رتبه بندی شدند. نتایج حاصل از این پژوهش نشان می دهند که حسابرسی و ممیزی مالیات بر ارزش افزوده با مشکلات و چالش هایی در زمینه های سازمانی، قانونی و عمومی روبرو است و چالش های سازمانی دارای بیشترین اهمیت در حسابرسی و ممیزی مالیات بر ارزش افزوده و چالش های قانونی و عمومی به ترتیب در اولویت های بعدی قرار دارند، همچنین طبق یافته های حاصله، میان ویژگی-های فردی و جمعیت شناختی پاسخ دهندگان و دیدگاه آنان نسبت به چالش های پیش روی حسابرسی و ممیزی مالیات بر ارزش افزوده ارتباط معنا داری وجود ندارد.