هدف از انجام پژوهش حاضر بررسی تأثیر اجرای نظام هماهنگ پرداخت حقوق بر رضایت شغلی محققین یک شرکت دانش بنیان دولتی با نقش امنیت شغلی به عنوان متغیر واسطه می باشد. جامعه آماری پژوهش، کلیه محققان شاغل در شرکت مذکور می باشد و شامل 200 نفر می باشند. تعداد نمونه بر اساس جدول مورگان 127 نفر است که این تعداد با استفاده از روش نمونه گیری تصادفی انتخاب شده اند.به منظور جمع آوری داده ها از سه پرسشنامه استاندارد استفاده شد: 1. پرسشنامه دانشگاه مینه سوتا جهت سنجش رضایت شغلی. 2. پرسشنامه اسمیت به منظور سنجش ابعاد رضایت شغلی شامل حقوق،مسیر و ماهیت شغلی.3. پرسشنامه کمانی برای سنجش امنیت شغلی. تجزیه و تحلیل داده ها در دو بخش انجام شده است : در بخش آمار توصیفی ، جداول فراوانی و میانگین داده ها محاسبه و از آزمون های کلموگروف اسمیرنوف و میانگین زوجی و در بخش آمار استنباطی از آزمون ضریب همبستگی پیرسون و مدل مرحله ای بارون و کنی استفاده شد. نتایج تحقیق نشان داد که هر سه بعد نظام هماهنگ پرداخت یعنی مسیرشغلی،ماهیت شغلی و حقوق بر رضایت شغلی کارکنان تأثیر مستقیم داشته اند و متغیر های مسیر شغلی و ماهیت شغلی از طریق متغیر میانجی امنیت شغلی بر روی رضایت شغلی تأثیر غیر مستقیم نیز داشته اند اما نقش واسطه ای امنیت شغلی برای حقوق دریافتی تأیید نشد. یافته های این پژوهش نشان می دهد که مطلوبیت ابعاد مسیر و امنیت شغلی نسبت به قبل از اجرای نظام هماهنگ کاهش و در بعد حقوق دریافتی افزایش داشته و ماهیت شغلی نیز چندان تغییری نداشته است اما در کل رضایت شغلی بهبود یافته و تقریبا به سطح مطلوبی رسیده اما هنوز نیاز به بهبود دارد.