نظام بودجه ریزی درایران،به رغم حدود یک قرن پیشینه اجرایی با مسائل و مشکلات متعددی روبروست،پاره ای از این مشکلات ناشی از شرایط و احوال اقتصادی و اجتماعی کنونی است، اما برخی دیگر که دارای اهمیت بسیار بیشتری نیزهست، ریشه در ساختار بودجه ریزی حاکم بر کشور دارد. به خصوص بودجه ریزی در دولت های نهم و دهم با توجه به انتقادهای زیادی که در خصوص عملکرد اقتصادی این دولت ها مطرح است حائز اهمیت بیشتری است. در زمان تصدی دولت های نهم و دهم، نظام بودجه ریزی به لحاظ فنی از عدم انضباط مالی و عدم شفافیت کافی رنج می برد. این عدم شفافیت ناشی از نابسامانی در اطلاعات بودجه و نبود هماهنگی میان اهداف برنامه با بودجه بود،. به علاوه عدم اقدام عملی در زمینه تهیه بودجه اقتصادی، عدم برآورد صحیح و درست درآمدها و هزینه ها در بودجه ریزی، نبود فرهنگ اقتصادی در نظام بودجه ریزی و سیاسی بودن بودجه ریزی از عوامل دیگری بود که بودجه ریزی با عدم انضباط مالی روبرو می ساخت. همچنین قوانین و مقررات حاکم فاقد صراحت و ضمانت اجرایی قوی است و فرآیند قانونی ناهمگونی دارد و همواره به جهت قانونگذاری از طریق تبصره های بودجه و عدم رعایت مهلت های قانونی در ارائه به موقع بودجه، مجلس نمی تواند لایحه بودجه را با دقت بررسی کند.