نام پژوهشگر: محمد رضا زمانی

جداسازی و همسانه سازی ژن tlp از منابع گیاهی و بیان پروکاریوتی آن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1389
  نیره سادات غفاریان نیا   محمد رضا زمانی

pathogenesis (pr-pr) یکی از مکانیسم های دفاعی گیاهان در برابر پاتوژنها، تولید پروتئین های دفاعی می باشد. در بین thaumatin like protein (tlp) ، می باشد. یکی از انواع این پروتئینها related proteins دارای ( secale cereal ) و چاودار ( oryza sativa ) نظیر برنج poaceae گیاهان بعضی از اعضای خانواده می باشند. در این تحقیق جهت شناسایی، جداسازی، کلون کردن و بررسی ساختمان ژنی و پروتئینی tlp ژنهای چاودار به منظور بررسی فعالیت ضد قارچی آن tlp گیاه چاودار و برنج و همچنین بیان پروکاریوتی tlp انجام پذیرفت. ctab ژنومی از گیاه چاودار و برنج به روش dna علیه قارچهای پاتوژن گیاهی، استخراج و pucng کلونینگ این قطعات در وکتورهای کلونینگ انجام شد و پس از تایید به ترتیب تحت عنوان 1 نامگذاری گردید. مقایسه نتایج توالی های کلون شده با توالی های موجود در بانک ژنی نشان داد که pjng1 توالی ژنی گیاه چاودار و برنج به ترتیب به طول 522 و 720 جفت باز کلون شده و فاقد اینترون می باشند. گیاه چاودار مورد مطالعه در tlp نشان داد که ncbi مقایسه توالی آمینو اسیدی این ژنها با توالی موجود در های tlp 61 و 77 با توالی های مربوط به ،55 ، 43 ، این تحقیق حداقل در 5 اسید آمینه در موقعیت های 12 این گیاه موجود در بانک ژنی متفاوت می باشد. این مساله منجر به تغییر در تعداد صفحات بتا در این پپتید شده از گیاه چاودار) در این تحقیق دارای دوازده صفحه بتا می باشد در حالیکه توالی ) tlp است. بطوری که پپتید گیاه برنج در این تحقیق در مقایسه با tlp دارای یازده صفحه بتا می باشند. همچنین ncbi های موجود در های این گیاه، موجود در بانک ژنی دارای یک اسید آمینه اضافه می باشد و از لحاظ tlp توالی های مربوط به 80 و 93 با توالی های موجود در بانک ژنی متفاوت می باشد. ، سه اسید آمینه دیگر در موقعیت های 79 کلون گردید و بیان pet-24d(+) گیاه چاودار در وکتور tlp در سیستم پروکاریوتی، ژن tlp جهت بیان پروتئین مورد بررسی قرار گرفت. حضور باند پروتئینی در محدوده مورد انتظار e. coli bl21 (de آن در سلول میزبان ( 3 بیان پروتئین را در سیستم پروکاریوتی تایید کرد. همچنین sds-page 18 کیلو دالتون در تصاویر حاصل از نشان داده شد. gel diffusion assay توسط آزمون rhizoctonia solani فعالیت ضدقارچی این پپتید علیه قارچ

مطالعه فعالیت ضد قارچ دفنسین(defensin) بیان شده در سیستم پروکاریوتی بر رشد برخی قارچ های بیماری زای گیاهی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1390
  نادیا شافعی   محمد رضا زمانی

چکیده فارسی: در این تحقیق ژن دفنسین(rs-afp1) گیاه تربچه با استفاده از pcr از ناقل puc19 جداسازی و سپس در ناقل بیانی pet26b(+) کلون گردید. صحت کلون شدن ژن در ناقل با استفاده از colony pcr وهضم آنزیمی مورد تأیید قرار گرفت و ناقل نوترکیب حاصله pet26rs1 نام گذاری گردید. ناقل pet26rs1به باکتری e. coli bl21(de3) plyss منتقل گردید و با iptg 1میلی مولار و در دماهای 37 و28 درجه سانتیگراد القاءء گردید. نتایج به دست آمده هیچ گونه بیان قابل اندازه گیری را نشان نداد. پس از ناقل pet 24d(+)استفاده گردید. این ناقل نیز دارای خصوصیاتی مشابه ناقل pet26b(+) می باشد اما فاقد توالی pel b می باشد. ژن rs-afp1 در این ناقل کلون شده و به باکتری e. coli bl21(de3)plyss منتقل گردید. اثر فاکتورهای مختلف iptg? دما و زمان نمونه گیری بعد از القاء بر روی بیان rs- afp1 با استفاده از تست تاگوچی بهینه سازی گردید. بر اساس این تست? از چهار سطح مختلف iptg (mm 2/.، 5/.، 7/. و 1)? زمان های مختلف القاء (2، 4، 6و 16 ساعت بعد از القاء) و درجه حرارت(23، 28، 30و 37 درجه سانتیگراد) در 16 حالت بررسی گردید. نتایج حاصل از ژل الکتروفورز پروتئین های حالت های مختلف با ژ‍ل اسکنر کمی گردید. نتایج حاصله نشان داد که دمای 28 درجه سانتیگراد و غلظت 1 میلی مولار iptg و زمان 6 ساعت بعد از القاء بهترین شرایط بیان rs-afp1 در باکتری e. coli می باشد. اثر پروتئین های به دست آمده بر قارچ های alternaria brassicola? botritis cinerea و scholorotinia sclorotirium با استفاده از دو روش radial diffusion و spore germination بررسی گردید. نتایج حاصله نشان داد که این پروتئین می تواند رشد قارچ های فوق را مهار کند وبیشترین اثر را بر a. brassicolaدارد.از این رو می توان نتیجه گرفت که پروتئین مزبور در سیستم پروکاریوت به صورت فعال بیان می گردد و می تواند رشد قارچ را مهار کند. کلمات کلیدی:دفنسین تربچه ، rs-afp1، تست تاگوچی، بهینه سازی بیان? بیان پروکاریوتی