هدف غایی این پژوهش ، ارائه روشی برای تسهیل مطالعه ملکولی بیماری مهلک سرطان مری است . علی رغم شیوع این سرطان در خطه شمالی ایران، نمونه به راحتی تهیه نمی شود. بنابراین درصدد گسترش منابع برای نمونه های سرطان مری برآمدیم. یک منبع غنی از بافتهای سرطانی، بلوک پارافینی است که برشهای حاصل از آن به مصرف تشخیص آسیب شناسی (پاتولوژی) و ایمنی شناسی (ایمونولوژی) می رسند. این بلوکها همراه با مشخصات بیمار و تشخیص پزشک معالج در آرشیو بیمارستان نگهداری می شوند. با استفاده از بلوکهای حفظ شده می توان نمونه های قدیمی و موارد جدید این بیماری را بررسی کرد. هدف این پژوهش میسر کردن مطالعه ملکولی اسیدهای نوکلئیک در محل دقیقی از بافت است که شاخص های سرطان در آن محل تجلی یافتند. گرچه سرطانهای غده ای از یک سلول اولیه پدید می آیند (منوکلنال هستند)، به دلیل حضور سلولهای سرطانی، گاه باعث می شود. ویژگیهای سلولهای طبیعی به سلولهای سرطانی نسبت داده شوند. از این جهت پس از تهیه برش بافتی باید به همگن سازی آن همت گمارد. برای بررسی dna سلولهای سرطانی، بهترین شیوه استخراج dna از بخش کوچکی از این برشهاست . dna حاصل را می توان به عنوان الگو در واکنش pcr به کار گرفت . به همین منظور ابعاد برش بافتی با استفاده از کاغذ میلیمتری ارزیابی می شود. بخشهایی از برش با سطح بین 26 و 156 میلیمترمربع مشخص شده، از بقیه برش برداشته می شود. عصاره سلولی حاوی dna با استفاده از محلول حاوی آنزیم پروتئاز و ماده شوینده استخراج می شود. dna در عصاره تهیه شده از بخشهای بافتی با ابعاد فوق الذکر الگوی کارایی برای ازدیاد توالی ژن بتاگلوبین در واکنش pcr بود. محصول مربوط به بتاگلوبین پس از یک واکنش pcr روی ژل قابل رویت بود. یعنی لازم نبود واکنش pcr لانه ای غانجام گیرد. علاوه بر توالی های بتاگلوبین، توالی های ژن اکتین در حضور آغازگرهای مربوط به این ژن در واکنش pcr ازدیاد شدند. قابل توجه است که معمولا عصاره تهیه شده از بخشهای کوچکتر بافت (مثلا بخشی با سطح 26 میلیمترمربع) در مقایسه بابرشهای بزرگتر، باندهای بهتری در ژل ایجاد می کردند. با تقلیل سطح برش ، احتمالا عوامل مهاری درونی کمتر به روش واکنش pcr راه می یابند. در ادامه این پژوهش برای حصول داده های قابل ارائه آماری، باید تجربیات را با همین سطوح بافتی تکرار کرد. با نمونه برداری به وسیله چسب نشاسته (clag) می توان سطح برشها را به کمتر از 5 میلیمترمربع تقلیل داد و بخش مورد نظر را پس از علامتگذاری از روی لام برداشت . علاوه بر این بابررسی برشهای متوالی، می توان ویژگیهای سلولهای سرطانی واقع در کانون خاصی از توده توموری را تعیین نمود. در نهایت با استفاده از برشهای نمونه های منجمد خشک شده می توان بررسیهایی در سطح rna انجام داد. با تلفیق داده های مولکولی در سطح dna (حاصل از pcr)، rna (حاصل از rt - pcr)، پروتئین (حاصل از ایمونوهیستوشیمی) و داده های آسیب شناسی که میزان پیشرفت سرطان را نشان می دهند، امید است بتوان طرح مولکولی برای مراحل پیشرفت سرطان ارائه داد. شاید با این وصف امکان تشخیص این سرطان رد مراحل پیدایش فراهم آید و از میزان مرگ و میر حاصل از آن کاسته شود.