نام پژوهشگر: محمدتقی اکبری

بررسی مولکولی ژن های شایع مسبب ناشنوایی های غیرسندرمی اتوزومی مغلوب از طریق str های پیوسته به این ژنها در 50 خانواده ایرانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1389
  نجات مهدیه   محمدتقی اکبری

ناشنوایی شایع ترین نقص حسی در انسان است که در نیمی از موارد به علل ژنتیکی مربوط می شود. 75-80% موارد وراثتی به صورت اتوزومی مغلوب هستند. مشکل اصلی تشخیص در اختلالاتی مانند ناشنوایی، علل ناهمگن آنهاست؛ شایع ترین ژن های دخیل در ناشنوایی عبارتند از dfnb1 (gjb2&6)، dfnb3 (myo15a)، dfnb4 (slc26a4)، dfnb7/11 (tmc1)، dfnb8/10 (tmprss3)، dfnb9 (otof)، dfnb12 (cdh23)، dfnb59 (pjvk)، dfnb67 (tmhs). بنابراین، نگرش های بررسی همزمان چند علت ژنتیکی و ابداع روش هایی برای این منظور از اهمیت ویژه برخوردار است. در این پژوهش، 109 خانواده از آزمایشگاه های ژنتیک پزشکی تهران، کوثر، انجمن خانواده ناشنوایان ایران، مراکز بهزیستی شمیرانات، تهران و ورامین برای شرکت در پژوهش دعوت شدند؛ از این تعداد، 54 خانواده دارای بیش از یک فرد مبتلا به ناشنوایی غیرسندرومی اتوزومی مغلوب در پژوهش شرکت کردند. پس از مشاوره خانواده ها و امضاء رضایت نامه آگاهانه، ژن های gjb2 و gjb6 تعیین توالی شده و افراد هتروزیگوت با mlpa و real time pcr بررسی شدند. خانواده های فاقد جهش gjb2 برای بررسی هاپلوتایپی لکوس های بالا کاندید شدند. برای هر لکوس چهار str انتخاب شد. همه strها در پنج مجموعه مالتی-پلکس راه اندازی گردید. درکل، ناشنوایی در 9 مورد از 54 خانواده به علت جهش های ژن gjb2 بود. در 7 خانواده تنها یک جهش در ژن gjb2 پیدا شد و جهش دومی یافت نگردید. در یکی از این خانواده ها یک جهش غالب de novo پیدا شد. بر پایه تحقیق ما، جهش های gjb2 در 67/16% بیماران دیده شد که با مطالعات پیشین سازگار است. بنابراین، 38 خانواده هیچ جهشی در gjb2 نداشتند. لکوس های dfnb7/11 و dfnb9 هرکدام در یک خانواده و لکوس های dfnb12 و dfnb3 نیز هرکدام در دو خانواده پیوستگی نشان دادند. احتمالاً سهم چهار لکوس dfnb3، dfnb7/11، dfnb9 و dfnb12 در حدود 79/15% موارد فاقد جهش gjb2 است. به زبان دیگر، 9 خانواده بعلت جهش gjb2 و 6 خانواده به علت لکوس های مذکور یعنی 8/27% موارد را شامل می شدند. بنابراین، لکوس های بیشتری در ناشنوایی های ایران درگیر اند.

نقشه برداری جزایر cpg در پروموتر ژن گیرنده استروژن آلفا و ارتباط آن با بیان ژن در تومورهای تک گیر پستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1390
  پانته آ ایزدی   مهرداد نوروزی نیا

سرطان پستان شایع ترین سرطان در زنان ایرانی است. تومورهای پستان بر اساس بیان گیرنده استروژن آلفا (er) به دو گروه er منفی و مثبت تقسیم می شوند.این طبقه بندی به انتخاب مسیر درمانی بیماران کمک می کند، بطوریکه بیماران مبتلا به تومورهای پستان نوع er مثبت با روش های مبتنی بر هورمون درمانی (مانند درمان با داروی تاموکسی فن) درمان می شوند. تومورهای er منفی به هورمون درمانی پاسخ نمی دهند. با توجه به ماهیت چالش بر انگیز درمان تومورهای er منفی و پیش آگهی ضعیف این تومورها، روشن نمودن مکانیسم های مولکولی کنترل کننده بیان این ژن ضرورت دارد. آگاهی از این مکانیسم ها می تواند ما را قادر به بازگرداندن پاسخگویی تومورها به هورمون درمانی نموده و گزینه های درمانی جدیدی فراهم نماید. متیلاسیون پروموتر ژن یکی از مکانیسم های خاموشی ژن است که ممکن است به سبب برگشت پذیر بودن هدف خوبی برای رویکردهای درمانی جدید باشد. بنابراین به بررسی ارتباط بین متیلاسیون پروموتر er با فنوتیپ er منفی در تومورهای پستان، مشخصات کلینیکوپاتولوژی بیماران و بیان ژن در سطح mrna در 100 بیمار پرداختیم. همچنین برای شناسایی cpg های کلیدی، جزیره cpg را در کلونهای بدست آمده از تومورهای er منفی و مثبت نقشه برداری نمودیم. ابتدا متیلاسیون پروموتر با روش mspدر تومورها ارزیابی شده و نشان داده شد که er منفی بودن تومور با متیلاسیون ارتباط دارد. همچنین متیلاسیون er با منفی بودن گیرنده پروژسترون در تومورها ارتباط داشت. هیچ ارتباطی بین متیلاسیون er و سایر مشخصه های کلینیکوپاتولوژی بیماران دیده نشد. مطالعه بیان ژن er با روش real time pcr ارتباط بین میزان mrna و متیلاسیون ژن را نشان داد. در نهایت 55 جایگاه cpg در ناحیه ای به طول 583 جفت باز از جزیره cpg پروموتر er با روش توالی یابی بی سولفیتی در 131 کلون بدست آمده از تومورهای پستان ، ارزیابی شدند. الگوی متیلاسیون بدست آمده برای تومورهای er منفی با مدل in vitro بازفعالی گیرنده استروژن با داروهای اپی ژنتیکی متفاوت بودو این موضوع اهمیت یافتن مدلهای سلولی مشابه با تومورها را برای ارزیابی درمانهای اپی ژنتیکی جدید گوشزد می نماید.

غربالگری بیماران مبتلا به عقب ماندگی ذهنی با علت نامشخص از لحاظ تغیرات تعداد نسخه های ژنی با استفاده از تکنیک mlpa
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1391
  فرزانه بهاری   زیور صالحی

عقب ماندگی ذهنی بیماری نسبتاً شایعی است که 2 تا 3 درصد جمعیت را درگیر می کند. علل وقوع عقب ماندگی ذهنی متنوع و شامل عوامل ژنتیکی و محیطی می باشد. یکی از دلایل مهم بروز عقب ماندگی ذهنی نقص های کروموزومی مانند ریز حذف ها و ریز مضاعف شدگی ها می باشند. این نقص ها در اکثر موارد از طریق کاریوتیپ شناسایی نمی شوند. هدف این مطالعه شناسایی تغیرات نسخه ها در بیماران مبتلا به عقب ماندگی ذهنی با علت ناشناخته با استفاده از تکنیک mlpa بود. mlpa نوعی روش کمّی و مبتنی برpcr است و قابلیت بررسی بیش از 45 توالی نوکلئوتیدی را به صورت همزمان دارد. در این مطالعه 50 فرد مبتلا به عقب ماندگی ذهنی با علت ناشناخته و کاریوتیپ نرمال که مطالعات بالینی هیچگونه سندرومی را در آنها شناسایی نکرده بود از لحاظ وجود ریزحذف ها و ریز مضاعف شدگی ها در تعدادی از سندروم های مرتبط با عقب ماندگی ذهنی شامل سندروم ولف هیرشهورن، سندروم فریاد گربه، سندروم لانگر گایدن، سندرم رابینشتین طیبی و سندروم wagr با استفاده از کیت p096 mr2 مورد بررسی قرار گرفتند. در مجموع یک مورد مضاعف شدگی در ناحیه ی مربوط به سندروم ولف هیرشهورن (4p16.3) در یک پسر 12 ساله که دارای عقب ماندگی ذهنی شدید و چهره ی دیسمورفیک بود مشاهده شد. این جهش به صورت de novo در بیمار مزبور رخ داده بود. نرخ شناسایی ناهنجاری در این روش 2% تخمین زده شد. این مطالعه نشان می دهد که mlpa می- تواند به عنوان روشی سریع و قابل اعتماد جهت غربالگری بیماران مبتلا به عقب ماندگی ذهنی با علت ناشناخته و استفاده در آزمایشگاه های تشخیصی به کار رود.

مطالعه ژنتیک - باستان شناختی بقایای جانوری تپه چیاسبز، دره سیمره
پایان نامه دانشگاه آزاد اسلامی - دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران مرکزی - دانشکده ادبیات و علوم انسانی 1391
  فربود حاجی مزدارانی   محمدتقی اکبری

به منظور درک بهتر از فرایند اهلی سازی بز سانان بویژه گونه ی بز در زاگرس مرکزی و دره سیمره، استخراج دی ان ای از بقایای جانوری تپه چیا سبز که یک محوطه ی نوسنگی بی سفال در زاگرس مرکزی می باشد، با هدف مقایسه ی ژنتیکی میان بز دوره ی نوسنگی با بز امروزی انجام گرفته است. هدف اصلی این تحقیق شناسایی هپلوتیپ های وحشی و اهلی در فازهای مختلف استقراری می باشد تا بدین ترتیب بتوان بومی بودن یا نبودن این گونه ها را در زاگرس مرکزی مشخص نمود.با تکثیر بخشی از ژنوم میتوکندری نمونه های بز توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز تفاوت اندکی میان مناطق فوق متغیر یک و دو در بخش d-loop ژنوم میتوکندری مشخص گردید. دلیل انتخاب ژنوم میتوکندری برای مطالعه، به ارث رسیدن آن بطور واحد مستقل از مادر می باشد. در بسیاری از مطالعات تبار شناسی و تعیین نسل گونه ها از قسمت های مختلف این ژنوم بخصوص مناطق فوق متغیر استفاده می شود.با سکانس محصوی پی سی آر و مقایسه ی آن با نمونه های امروزی، گونه کاپراهیرکوس به عنوان بز اهلی دوره ی نو سنگی با تفاوت چندبازی در بخش d-loop میتوکندری شناسایی شد.

بررسی بازآرایی های کروموزومی در بیماران ایرانی مبتلا به لوسمی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1392
  آویسا دلشادسیاهکلی   محمدتقی اکبری

لوسمی به نوع خاصی از سرطان اطلاق می شود که مغز استخوان را درگیر می کند و منجر به عدم عملکرد صحیح گلبول ها می شود. در بسیاری از موارد، علل قطعی بروز بیماری نا شناخته است اما عوامل ژنتیکی و محیطی می توانند احتمال ابتلا به سرطان را افزایش دهند. با توجه به اینکه لوسمی ها یکی از علل مهم مرگ و میر در دنیا و ایران می باشند، شناسایی انواع بازآرایی های کروموزومی در نمونه های مغز استخوان افراد مبتلا ارزشمند می باشد. لذا هدف از این تحقیق، بررسی بازآرایی های کروموزومی در بیماران ایرانی مبتلا به لوسمی می باشد. در این مطالعه از روش کاریوتیپ نواری جهت بررسی بیماران مبتلا به لوسمی از نظر وجود بازآرایی های کروموزومی استفاده شد. بدین منظور 100 بیمار مبتلا به انواع لوسمی مراجعه کننده به مرکز ژنتیک پزشکی تهران مورد بررسی قرارگرفتند. پس از اخذ رضایت نامه از بیماران، نمونه ی مغز استخوان از آنها گرفته شد، سپس گلبول های سفید پس آنالیز کروموزومی ،gtg از شمارش کشت شدند و در نهایت پس از رنگ آمیزی کروموزوم های متافازی با استفاده از نواربندی 48/ بودند که 4 aml صورت گرفت. در این مطالعه از 100 بیمار مراجعه کننده، 46 بیمار مبتلا به iscn طبق دستورالعمل درصد آنها دارای کاریوتیپ ناهنجار بودند و در 14 مورد کاریوتیپ موزائیسم مشاهده شد که جابجایی ( 15;17 ) بیشترین فراوانی را 67/4 cml 35 درصد آنها کاریوتیپ ناهنجار دیده شد و از میان 34 بیمار / در 3 all داشت. همچنین از میان 17 بیمار مبتلا به در یک بیمار، cll درصد دارای کاریوتیپ ناهنجار بودند و جابجایی ( 9;22 ) فراوانی بیشتری داشت و در میان 3 بیمار مبتلا به ناهنجاری سیتوژنتیکی تشخیص داده شد. به طور کلی، تجزیه و تحلیل کروموزومی می تواند به عنوان ویژگی های بیماری برای تشخیص، انتخاب درمان، همچنین به عنوان یک مارکر پیش آگهی مورد استفاده قرار گیرد.

تشخیص پیش از تولد آنیوپلوئیدی از طریق dna آزاد جنینی در پلاسمای مادر
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1392
  محمد صابری   محمدتقی اکبری

این مطالعه به بررسی تفاوت در متیلاسیون دو ژن aire و rassf1a بین مادر و جنین و استفاده از این تفاوت در شناسایی dna آزاد جنینی در پلاسمای مادر در تشخیص پیش از تولد تریزومی 21 می پردازد. از 30 خانم باردار که دارای جنین تک قلو بودند، نمونه خون گرفته شد. همچنین از آن ها نمونه مایع آمنیوتیک برای بررسی کاریوتایپ، تهیه گردید. جهت تشخیص تریزومی 21 از تفاوت در متیلاسیون دو ژن rassf1a و aire از آنزیم های حساس به متیلاسیون و سپس pcr فلورسنت کمّی استفاده گردید. این متد موید این نکته می باشد که دو ژن rassf1a و aire در dna سلول های خونی مادر هایپومتیله اما در dna آزاد جنینی استخراج شده از پلاسما، هایپرمتیله می باشد. تشخیص تریزومی 21 براساس محاسبه نسبت آللی دو ژن rassf1a و aire که در جنین هایپرمتیله هستند و با آنزیم های حساس به متیلاسیون برش نمی خورند، صورت می گیرد. صحت این نتایج با نتایج حاصل از کاریوتایپ نمونه های آمنیوسنتز آزموده شد. از بین 30 نمونه بررسی شده، 8 نمونه به طور قطعی تریزومی 21 و 18 نمونه به درستی سالم تشخیص داده شدند. 4 نمونه در ابتدا به اشتباه تریزومی 21 تشخیص داده شدند که با بررسی بیشتر و تکرار تست سالم بودن آن ها به اثبات رسید. نسبت آللی aire/rassf1a در dna استخراج یافته از پلاسمای مادر دارای جنین مبتلا به تریزومی 21 بین 0.33 تا 1.77 می باشد. از آن جایی که از بین 22 نمونه سالم تنها 18 مورد به درستی سالم تشخیص داده شد، حساسیت این تست 81.81% می باشد. همچنین همه 8 نمونه ای که با تست کاریوتایپ تریزومی 21 بودند، توسط این تست نیز تریزومی 21 تشخیص داده شدند، بنابراین اختصاصیت این تست 100 درصد می باشد. در نهایت نتیجه گیری شد که نواحی همچون rassf1a و aire که از نظر متیلاسیون بین مادر و جنین متفاوت می باشند، به عنوان مارکرهای اختصاصی جنین در تشخیص های پیش از تولد همانند تریزومی 21، قابل کاربرد هستند. همچنین با انجام str-typing و مشاهده آلل های ویژه پدری در dna استخراج یافته از پلاسمای مادر، صحت پروتوکل استخراج در 5 گروه نمونه که هرکدام شامل dna های استخراج یافته از پلاسمای مادر و dnaهای استخراج یافته از خون محیطی بودند، به اثبات رسید.

جستجوی ژنهای عامل سرطان پستان خانوادگی در تعدادی از خانواده های non-brca1/2 ایرانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1393
  مژگان عطایی کچویی   محمدتقی اکبری

سرطان پستان شایع ترین تومور بدخیم در زنان با حدود یک میلیون مورد جدید در هر سال در سراسر دنیا است. کمتر از 30-25% زنان بررسی شده مبتلا به سرطان پستان و دارای زمینه خانوادگی دارای جهش بیماریزا در یکی از ژنهای brca1 و brca2 می باشند. برای بررسی حداقل 70% باقی مانده که تحت عنوان خانواده های non-brca1/2 یا brcax نامیده می شوند انواع مختلف مطالعات صورت گرفته است که منجر به معرفی ژنهای کاندید متعدد شده است. در ضمن اینکه در طی این مطالعات احتمال وجود الگوهای وراثتی مغلوب در سرطان پستان پیشنهاد شده است. هدف از انجام این مطالعه جستجوی ژنهای جدید عامل سرطان پستان خانوادگی در تعدادی از خانواده های non-brca1/2 در جمعیت ایرانی با استفاده از معیار ازدواج خویشاوندی بدلیل ناشناخته بودن حدود 70% از اساس ژنتیکی این بیماری و عدم بررسی الگوی وراثتی مغلوب در این بیماری در مطالعات قبلی بود. در این بررسی پس از انتخاب دقیق خانواده ها بر اساس معیارهای مورد نظر و مستثنی کردن خانواده هایی که دارای جهش در ژنهای brca1 ،brca2 و chek2 بودند در سایر خانواده ها توالی یابی اگزوم در کلیه افراد دردسترس خانواده انجام گردید. سپس با بررسی های بیوانفورماتیکی فیلترینگ و الویت بندی ژنهای کاندید گرفته و بررسی¬های تکمیلی بر روی این ژنها انجام شد. در این بررسی واریانتهای هموزیگوت با تفکیک ناقص در ارتباط با سرطان پستان در خانواده های مورد بررسی شناسایی گردیدند. دو ژن اول هر خانواده در الویت¬بندی از نظر فراوانی آلل مورد شناسایی در آن ژن در یک گروه کنترل سالم 50 نفری مورد بررسی قرار گرفت. هیچیک از 6 واریانت مورد بررسی در هیچ یک از 50 نفر فرد سالم مشاهده نگردید. ژنهای حامل این واریانتها می¬توانند بعنوان ژنهای مستعدکننده جدید در سرطان پستان مورد بررسی بیشتر قرار گیرند.

ارتباط پلی مورفیسم های ژن hla_drb1 با لوسمی در بیماران ایرانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1392
  سمیرا محرمی اتش بیگ   رضا حاجی حسینی

لکوس hla در منطقه ای به طول حدودkb 4000 در موقعیت3 و21 p6 واقع شده است که مسئول کد کردن حدود 224 ژن (128 ژن فعال و 96 ژن کاذب) که بسیاری از آن ها در سیستم ایمنی دخیل اند می باشد. این تحقیق به صورت مطالعه مورد- شاهد صورت گرفته است بر اساس این بررسی که تعداد 39 بیمار مربوط به aml و 11 بیمار مربوط به all می باشد استعداد ابتلا به لوسمی و یا محافظت علیه ابتلا به لوسمی توسط بعضی از الل های hla-drb1 ایجاد می شود

تشخیص غیر تهاجمی پیش از تولد بتا-تالاسمی با استفاده از dna آزاد جنینی موجود در خون مادران باردار
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1387
  امید توسلی   علیرضا مصباح نمین

چکیده ندارد.

بررسی بیان ژن itpa در بیماران cml
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  بهروز حسن نیا   مهرداد بهمنش

آنزیم اینوزین تری فسفات پیروفسفاتاز (itpase) که توسط ژن itpa کد می شود عهده دار حفاظت سلول ها از طریق حذف نوکلئوتید های پورینی دآمینه سه فسفاته از مخزن نوکلئوتیدی می باشد. این نوکلئوتید های غیر طبیعی (itp، ditp، xtp) طی فرایند دآمیناسیون بازهای پورینی بوجود می آیند و به نظر می رسد افزایش غلظت و تجمع آن ها در شرایط خاصی مانند استرس برای سلول مضر می باشد و منجر به افزایش جهش ها و ناپایداری ژنتیکی و استعداد به ناهنجاری های ژنتیکی می شود. گزارش های بسیاری در مورد وجود و نقش اختلالات ساختمانی و عملکردی در ژنوم بسیاری از سرطان ها وجود دارد. لوسمی میلوئیدی مزمن (cml) یکی از انواع سرطان خون می باشد که ناپایداری ژنومی از مشخصه های اصلی در افراد مبتلا به آن است. با توجه به عملکرد حفاظتی آنزیم itpase در مقابله با جهش ها، تصور می شود که نقص در عملکرد ژن itpa می تواند به عنوان عاملی مهم در زمینه ژنتیکی افراد مبتلا به بدخیمی ها مانند cml نقش داشته باشد. در مرحله اول این تحقیق بیان ژن itpa به روش نیمه کمی مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج این مرحله نشان از کاهش بیان قابل توجه ژن itpa ( p<0.05 ) در بیماران cml در مقایسه با افراد کنترل بود. همچنین در بررسی های این مرحله دو واریانت از ژن itpa نیز علاوه بر رونوشت مورد نظر شناسایی شد که یکی دارای حذف 123 نوکلئوتیدی و دیگری حذف 77 نوکلئوتیدی در منطقه کد کننده ژن بود. در بخش دیگری از این تحقیق فعالیت آنزیمی itpase در گلبول های قرمز برای اولین بار با استفاده از روشی جدید، سریع و حساس مبتنی برلومینسانس نشان داده و ارزیابی شد. نتایج این مرحله نشان داد که این روش می تواند جایگزین روش مرسوم hplc مورد استفاده برای سنجش فعالیت این آنزیم باشد. همچنین بررسی فعالیت آنزیمی itpase نشان داد که فعالیت این آنزیم در نمونه های دارای واریانت واجد حذف در اگزون های ژن itpa در مقایسه با نمونه های فاقد حذف، به طور قابل توجهی پایین می باشد. با توجه به نقش ژن itpa در مقابله با آسیب های ژنتیکی، به نظر می رسد کاهش بیان این ژن در بیماران cml و اختلال در عملکرد آن می تواند عاملی در جهت افزایش ناپایداری و ناهنجاری های ژنتیکی در این سرطان در نظر گرفته شود.

تهیه و بررسی ساختمان n، -a دی متیل -2- کتومتیل کینولین ها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1371
  محمدتقی اکبری   میرمحمد صادقی

مشتقات n و -a دی متیل -2- کتومتیل کینولین ها سنتز شده اند و ساختمان آنها بوسیله طیف سنجی های u.v,i.r و h.n.m.r بررسی شده است . بر اساس طیفهای i.r در کلروفرم، این ترکیبات در فرم ان امین اون غیر مسطح وجود دارند. موقعیت و قدرت پروتونه شدن این ترکیبات در محلولهای آبکی بوسیله طیف سنجی های h.n.m.r و u.v بررسی شده است . n و -a دی متیل -2- کتومتیل کینولین ها، برخلاف -2 کتومتیل کینولین ها، بازهای بسیار قوی می باشند و حتی در محلول یک نرمال هیدروکسید سدیم پروتونه می گردند. این ترکیبات در محلولهای آبکی اسیدی و خنثی، طی یک پروتونه شدن دو مرحله ای، ابتدا در موقعیت o، پروتونه می شوند و سپس به فرم c، پروتونه تبدیل می گردند. این ترکیبات در محلول سود یک نرمال طی یک پروتونه شدن یک مرحله ای مستقیما" در موقعیت c، پروتونه می گردند.